Phần mới này bắt đầu khi Tsubasa và đội tới Paris, Pháp để thi đấu trong Giải đấu Thanh niên Quốc tế. Các cầu thủ bóng đá ưu tú của Nhật Bản phải đối đầu với những cầu thủ xuất sắc nhất thế giới bóng đá, bao gồm Schneider của Đức
Shunichi là một tài năng về thể thao, tuy chỉ mới học lớp 5 nhưng cậu luôn nhận được rất nhiều lời mời gọi để thi đấu giúp các đội tuyển thể thao trong trường học của mình. Một hôm cậu buộc phải đấu Yoyo để chống lại kẻ bắt nạt và giúp bạn của cậu lấy lại Yoyo , trận đấu quyết liệt vàShunichi đã thắng. Nhưng sau đó cậu gặp Seito Hojoin một tài năng YoYo người đã dạy cho cậu ta biết thế nào mới thực sự là YoYo, tức giận và quyết tâm trả thù cậu bắt đầu luyện YoYo.
Cậu bé Echizen Ryoma từ Mỹ trở về Nhật và được bố cậu, tay vợt nổi tiếng Echizen Nanjiroh cho vào học ở học viện Seishun, hay viết tắt là Seigaku (cũng là nơi mà ông đã từng theo học). Ở đây cậu tham gia vào câu lạc bộ tennis nổi tiếng Seigaku, đội tennis của trường rất mạnh và có nhiều tay vợt tài năng.
Ge Ming Ming là một học sinh nhưng cũng đồng thời là một chuyên gia cờ bạc. Vì sự cố ngoài ý muốn, cậu buộc phải trở về trường để hoàn tất việc học của mình. Tuy nhiên, do bỏ học một thời gian dài nên cậu không thể nắm được kiến thức các môn học.
Cốt truyện của Gundam X nói về thời đại sau cuộc chiến tranh giành độc lập của các Colony, khi con người phải cố gắng tồn tại trong một thế giới bị ô nhiễm nặng nề vì hậu quả của cuộc chiến. Thế giới khắp nơi loạn lạc, các nhóm thu gom phế liệu Vulture nổi dậy. Và câu chuyện bắt đầu khi lời đồn về Newtype - những người được cường hóa sóng não trong thời chiến - trở lại, và sự xuất hiện của kẻ hủy diệt năm xưa: Gundam X. Gundam X lấy hệ thời gian là After War, và thời điểm bắt đầu là After War