Khi Ryuuhei Oda còn học tiểu học, cậu rất ngưỡng mộ người anh trai tốt bụng của mình. Ryuuhei, người đã chứng kiến cái chết bí ẩn của anh trai mình, hiện là một học sinh vui tính. Một ngày nọ, khi đang tập kickboxing, anh ấy bị một sinh vật bí ẩn tên là Tris cắn và có một giấc mơ bất thường.
Cốt truyện xảy ra vào 10 năm sau của Yu-Gi-Oh phần đầu. Lúc này Yugi Muto đã trở thành một tượng đài bất diệt trong làng bài ma thuật. Nhân vật chính của series là Yuki Judai, một thiếu niên đam mê bài ma thuật quyết tâm trở thành Vua đấu bài. Cậu tham dự kỳ thi tuyển vào học viện đào tạo bài thủ Duel Academy và được xếp vào nhà Osiris Red.
Lấy bối cảnh thời chiến quốc Nhật Bản (Sengoku Jidai) bắt đầu tử khoảng giữa thế kỷ 15. Sau khi hợp lực đánh bại Quỷ Vương Nobunaga ở phần 1 , Date Masamune-Độc Nhãn Long vùng Oushuu lại một lần nữa tái đấu với với Sanada Yukimura-Tiểu Hổ vùng Kai.
Sau 3 năm làm việc cho một công ty đen, Akira đã kiệt quệ cả về thể chất lẫn tinh thần. Nhưng một buổi sáng nọ, những gì anh thấy trên đường đi làm là một đống Zombies?! Akira sẽ sống cuộc sống của mình như thế nào trong một thế giới đã hoàn toàn thay đổi chỉ sau một đêm đây!?
Nhóm Takuya đanh trên chuyến hành trình của mình thì bị lạc đến Đảo Lang Thang. Khi Takuya, Tomoki, Junpei,, Bokomon và Neamon tỉnh lại thì gặp được Kotemon. Ngay lúc đó, các Digimon tộc thú được lãnh đạo bởi Hippogriffomon đến tấn công tộc người do Darrcmon lãnh đạo.