Sau sự kiện của Dead Space, tập đoàn C.E.C đã mất liên lạc với tàu USG Ishimura và căn cứ trên hành tinh Aegis VII. Không lâu sau đó, tàu USG O’Bannon được cử đi để điều tra tình hình, nhưng mọi chuyện đã không diễn ra một cách suông sẻ khi họ tìm thấy mảnh vỡ của Red Marker trên bề mặt của hành tinh đã bị tàn phá này.
Trong Cuộc chiến Chén Thánh, các Pháp sư (Master) và các Anh linh (Người hầu) của họ chiến đấu để giành quyền kiểm soát Chén Thánh—một thiết bị ban điều ước toàn năng được cho là có thể đáp ứng mọi mong muốn
câu chuyện về một giáo sư đại học trẻ và cũng chính là một thiên tài, ông có thể học được bất kì loại ngôn ngữ nào nếu bản thân thực sự muốn.Chính khả năng này mà ông là người được tất cả mọi người đề cử cho cương vị là giáo sư giải mã những mật mã sử dụng không dây do chính bộ luật Luger của những người sói đề ra, và chính họ là kẻ thù vô cùng to lớn của loài người.
Ở Tokyo nơi trọng lực bị phá vỡ, một chàng trai và một cô gái bị cuốn hút vào nhau ... Câu chuyện lấy bối cảnh ở Tokyo, sau khi những quả bong bóng phá vỡ định luật trọng lực trút xuống thế giới.
Hậu quả của Chấn Động Thứ Tư, bị mắc kẹt mà không có Evangelion của mình, Shinji, Asuka và Rei tìm nơi trú ẩn tại một trong những ngôi làng hiếm hoi vẫn còn tồn tại trên Trái Đất đổ nát. Ở đó, họ sống một cuộc sống khác xa so với những ngày là một phi công Evangelion. Tuy nhiên, mối nguy hiểm đối với thế giới còn lâu mới kết thúc.