Tại một thế giới dưới lòng đất nào đó mang tên là Endra được chiếu sáng bởi Adamas khổng lồ. Một ngày nọ, Shun Asanaga - một học sinh trung học 15 tuổi người trên mặt đã vô tình chạm vào 1 tinh thể của người cha cũng là nhà khoa học mình và bị dịch chuyển đến Endra.
Nueno Mesuke,Hay còn gọi là "Nube", là một thầy giáo nhưng công việc không chỉ có dạy học mà còn rất nhiều việc khác... Nói nhiều mất hay nhiêu đó thôi.
Rinko là một học sinh cấp 2, trở thành bạn đồng hành với Ruby, một jewelpet thỏ để tìm lại những Jewelcharms đã bị thất lạc ở thế giới con người.
Pokémon được hãng Nintendo cho ra đời vào năm 1996 nhằm phục vụ cho trò chơi xách tay phổ biến nhất của họ: Game Boy. Và được phát hành lần đầu tiên ở Nhật Bản. Cái tên đầu tiên được đặt ra cho Pokémon là “Poketto Monstaa” là phát âm tiếng nhật của “Pocket Monster – quái vật bỏ túi” và sớm được người Nhật Bản rút ngắn lại thành “Pokémon”. Một nhà thiết kế game người Nhật là Satoshi Tajiri đã nảy ra ý tưởng và làm nền móng cho Pokémon nhờ những ký ức thời xa xưa của ông khi còn nhỏ vẫn hay tìm
Jiyuu Nanohana đã trở lại với cuộc sống bình thường. Tuy nhiên, 1 hôm, trên đường đến trường, Jiyuu lại nhận được miếng che mắt Lovely Eyepatch ngày xưa. Lần này, Jiyuu lại phải tiếp tục cuộc chiến của mình trước những đối thủ mới: 1 là những đối thủ từ môn phái Yagyuu phương Bắc đến từ Siberia, và 2 là 1 nhân vật bí ẩn tự xưng là Jubei Yagyuu Đệ nhị - truyền nhân thực sự của phái Yagyuu Shinkage.