Hikaru Shidou, Umi Ryuuzaki, và Fuu Hououji là những người lạ mặt mang về số phận khi họ gặp nhau trong một chuyến đi thực tế bình thường đến tháp Tokyo. Cùng với ánh sáng lóe sáng, họ nghe thấy lời kêu gọi của một người phụ nữ bí ẩn cứu Cephiro,
Tại một thành phố tối tăm, được biết đến là “Hole”, một nhóm các Ma pháp sư đã bắt người đi đường làm chuột bạch cho các “thí nghiệm” tàn bạo của hắc pháp. Ở một con hẻm tối, Nikaido đã tìm thấy Caiman, một gã đàn ông có cái đầu là động vật bò sát và một người có trí nhớ kém
Nhóm Takuya đanh trên chuyến hành trình của mình thì bị lạc đến Đảo Lang Thang. Khi Takuya, Tomoki, Junpei,, Bokomon và Neamon tỉnh lại thì gặp được Kotemon. Ngay lúc đó, các Digimon tộc thú được lãnh đạo bởi Hippogriffomon đến tấn công tộc người do Darrcmon lãnh đạo.
Lấy bối cảnh thời chiến quốc Nhật Bản (Sengoku Jidai) bắt đầu tử khoảng giữa thế kỷ 15. Sau khi hợp lực đánh bại Quỷ Vương Nobunaga ở phần 1 , Date Masamune-Độc Nhãn Long vùng Oushuu lại một lần nữa tái đấu với với Sanada Yukimura-Tiểu Hổ vùng Kai.
Yu-Gi-Oh! là câu chuyện kể về Yugi Muto, một học sinh trường Domino. Tính tình nhút nhát, hiền lành. Cậu là cháu nội của Surodoku Muto. Trước đây, ông cậu vốn là một kiện tướng chơi trò chơi cực kì xuất sắc. Từ nhỏ, ông cậu đã dạy cậu chơi các trò chơi, và ông còn cho cậu một bộ xếp hình. Trong khoảng gần bảy năm, cậu đã tìm tòi và đã lắp ráp được thành Trò chơi ngàn năm(Millennium Puzzle). Nhưng cậu đã không thể hoàn thành được vì mảnh chính của trò chơi bị Joey Wheeler (Katsuya Jonouchi) ném