Câu chuyện này nói về hàng ngàn năm sau trong tương lai. Những người dân của Trái đất đã quên cuộc chiến tranh không gian của quá khứ, quay trở lại với một sự tồn tại công nghiệp
900 năm sau sự kiện “Ngày tận thế”, con người và vampire vẫn ở trên 2 chiến tuyến, mỗi bên hùng cứ một phương nhưng vẫn chưa đạt được một hiệp ước về hòa bình nào. Cùng lúc một thế lực thứ 3 đang ngấm ngầm trỗi dậy, hòng đẩy 2 phe kia phát động chiến tranh để nghiễm nhiên làm “ngư ông đắc lợi” rồi chiếm cứ Trái Đất. Trước tình trạng đó, Abel Nightroad, một linh mục thuộc Vatican-đầu não của loài người quyết định đứng lên, cùng các đồng đội ngăn chặn viễn cảnh đen tối đó. Điều thú vị là Abel
Từ rất xa xưa, có một vị kiếm khách chính nghĩa được gọi là dũng sĩ đã trải qua bao cuộc chiến đấu với ma vương để giải thoát con người khỏi những đau khổ. Vị dũng sĩ và những người bạn sau khi cùng nhau liên kết sức mạnh, vượt qua rất nhiều trận đấu cam go. Cuối cùng ma vương cũng đã bị đánh bại
Năm 2089, 89 năm kể từ chiến tranh vũ trụ thứ nhất, đã thay đổi cuộc sống của hai chủng tộc con người và Zentradi. Cả hai chủng tộc hiện đang chung sống hòa bình trên Trái Đất thì bỗng nhiên một chủng tộc mới xuất hiện trên hệ Mặt Trời tên là Marduk. Giữa chiến trường của Lực lương không gian Liên Hợp Quốc với hạm đội Marduk, phóng viên tập sự Hibiki đã phát hiện ra Ishtar
Jiyuu Nanohana đã trở lại với cuộc sống bình thường. Tuy nhiên, 1 hôm, trên đường đến trường, Jiyuu lại nhận được miếng che mắt Lovely Eyepatch ngày xưa. Lần này, Jiyuu lại phải tiếp tục cuộc chiến của mình trước những đối thủ mới: 1 là những đối thủ từ môn phái Yagyuu phương Bắc đến từ Siberia, và 2 là 1 nhân vật bí ẩn tự xưng là Jubei Yagyuu Đệ nhị - truyền nhân thực sự của phái Yagyuu Shinkage.