Tại một tương lai không xa, con người phải đối đầu với một chủng loại sinh vật nguy hiểm tên là Demoniacs-1 dạng quái vật sinh ra từ xác người chết và có thể ký sinh vào cơ thể con người đồng thời biến họ thành quái vật. Câu chuyện xoay quanh các thành viên của đội đặc nhiệm XAT, Xenogenesis Assault Team-chuyên săn lùng các Demoniacs.
Câu chuyện lấy bối cảnh ở một thế giới khác tên là Yamauchi, được cai trị bởi gia tộc Yatagarasu, những người có khả năng biến đổi giữa hình dạng người và quạ.
Thảm kịch "Bloody Valentine" đã leo thang thành một cuộc chiến giữa Liên Minh Trái Đất và ZAFT. Cuộc chiến ngày càng trở nên nghiêm trọng. Khiến rất nhiều sinh mạng phải hy sinh, họ đã đạt được thỏa thuận ngừng bắn sau cuộc chiến thứ hai ở Yakin Do. Tuy nhiên, thỏa thuận ngừng bắn đã không hoàn toàn khắc phục được xung đột giữa Naturals và Coordinators.Trong suốt cuộc chiến, Shinn Asuka đã tham gia vào Liên Minh Trái Đất để thâm nhập vào Orb. Trong lúc thoát khỏi đám cháy, cậu ta đã mất cha mẹ
Vào lúc 10 tuổi, những người bạn thân nhất là Musashi và Kojiro đã ngồi lặng im trong phấn khích khi cha của Kojiro kể về những con quỷ độc ác săn người vô tội và những chiến binh đã đánh bại chúng. Cùng luyện tập kiếm thuật, cả hai thề sẽ trở thành người mạnh nhất trên thế giới
Alto Goldfield, học sinh tại một học viện phép thuật, người mong muốn trở thành bậc thầy của mọi phép thuật. Tuy nhiên, khi anh ta sắp rớt môn học phép thuật triệu hồi và có nguy cơ học lại một năm nữa thì anh đã tìm thấy một cuốn ma thuật triệu hồi cổ