Câu chuyện diễn ra trong thế kỷ 21. Do thực tế rằng ô nhiễm đã trở thành một vấn đề lớn, các nhà khoa học đã phát triển việc sử dụng nhiên liệu hydro được gọi là HBT như là một thay thế cho nhiên liệu hóa thạch. Vào thời điểm này, con người đã xâm chiếm sao Hỏa để tìm kiếm địa điểm mới để gọi về nhà là kết quả của sự bùng nổ dân số.
Otokojuku - một trường tư dành cho thiếu niên phạm tội bị đuổi khỏi các trường học bình thường. Tại ngôi trường này, tinh thần thượng võ của Nhật Bản được huấn luyện bằng các nguyên tắc quân phiệt. Như một bộ phim hành động, các lớp học tràn đầy bạo lực. Chỉ có những người sống sót mới trở thành người đàn ông đích thực.
Sau khi lấy được 7 viên đá truyền thuyết, Chaos Emerald , Sonic và bạn bè mình tiếp tục chiến đấu chống lại tiến sỉ xấu xa Eggman. Khoảng khắc Sonic đột nhập vào sào huyệt của Eggman, thì 7 viên đá truyền thuyết đã được thu thập và tạo ra sức mạnh tống Sonic và những người khắc vượt thời gian đến thế giới loài người.
Năm 1476, bá tước Dracula lộng hành toàn cõi Châu Âu khiến giáo hội phải triệu hồi gia tộc Belmont, kẻ thù không đội trời chung với Dracula, để ngăn chặn mối hiểm họa đang nhấn chìm Châu Âu vào bóng tối. Sở hữu ngọn roi diệt ma cà rồng gia truyền, Trevor Belmont đáp lại lời gọi và dấn thân vào lâu đài ma quái của Dracula để tiêu diệt hắn một lần và vĩnh viễn.
Năm U.C 0087, 7 năm sau One Year War. Titan, một tổ chức tập trung tất cả tinh túy của Earth Federation được thành lập nhằm tiêu diệt những thế lực chống đối. Tuy nhiên Titan sớm trở nên mất kiểm soát, thi hành những chính sách tàn bạo với cả Trái Đất và không gian. Để chống lại Titan, những người dân bất mãn, thành viên cũ của Zeon và cả những người lính Federation tập hợp lại và thành lập tổ chức Anti-Earth Union Group hay AEUG. Một cuộc chiến mới đã bắt đầu.