Giang Hộ thời đại sơ kỳ, Đảo Nguyên Loạn đã tạo một cuộc rung chuyển Nhật Bản. Và tâm điểm là thành phố Minami Shimabara, tỉnh Nagasaki. Tại đây, Chí Lang cùng Thời Bát gặp lại Thiến, người bạn thuở ấu thơ từ Tokyo về. Rồi xuất hiện Goron và hành trình bắt đầu từ đây.
1 phần trong dự án sản phẩm truyền thông do 5 hãng phát hành cùng hợp tác, gồm: Hãng in Dash X Bunko thuộc tập đoàn Shueisha, hãng in Fujimi Fantasia Bunko thuộc Kadokawa, hãng in MF Bunko J thuộc Kadokawa, hãng in Gagaga Bunko thuộc Shogakukan, và tạp chí Jump SQ của Shueisha.
Sau sự sụp đổ của tổ chức Museum, tuy việc sản xuất và phân phối Gaia Memory, thiết bị cho người sử dụng khả năng biến thành quái vật với sức mạnh to lớn, đã bị ngưng lại. Dù thế nhưng các Gaia Memory còn sót lại vẫn được bán tại chợ đen và tiếp tục gây ra những hiện tượng kì lạ cho thành phố Fuuto.
Câu chuyện kể về hai đứa trẻ 14 tuổi ( Rokuro và Benio). Trong một thế giới đầy rẫy những lũ tạp thể có thể xuất hiện ở bất cứ đâu để hại người thường. Bảo vệ con người khỏi sự tàn bạo của chúng là nghĩa vụ của các thầy pháp.
Câu chuyện xoay quanh nhân vật chính là Lord El-Melloi II, chính là Waver Velvet trong Fate/Zero đã trưởng thành và là người kế vị của Kayneth, cùng với người học việc của Lord El-Melloi II là Gray. Câu chuyện diễn ra tại Clock Tower – Trụ sở của hiệp hội Pháp Sư tại Anh. Tại đó, Lord El-Melloi II và Gray đã giải được nhiều vụ án bí ẩn của vùng đất phép thuật quanh hiệp hội Pháp Sư.