Cadis Etrama di Raizel tỉnh dậy từ 820-năm giấc ngủ dài và bắt đầu một cuộc sống mới là một học sinh trung học. ngày thanh bình của mình như là một sinh viên được sớm bị gián đoạn bởi một nhóm những kẻ tấn công được gọi là “Liên minh.” Noblesse sau Raizel và tôi tớ trung thành của mình, Frankenstein, khi họ liên tục bảo vệ và tiết kiệm Raizel bạn bè của con người mới từ các mối đe dọa bí ẩn.
Thành Vatican - Đất Thánh của người Công giáo. Nơi đấy có một tổ chức tiến hành các cuộc điều tra nghiêm ngặt về "Những Điều kì bí về phép lạ" khắp nơi trên thế giới đều xác nhận là có thật.
Một ngày nọ, cậu học sinh cao trung mê game, cuồng kẹo Shiroyanagi Akira bị kéo vào một trận chiến bởi một cô gái bí ẩn tự xưng là Mion. Những người tham gia được thông báo rằng họ đã "bị xóa tên khỏi hộ khẩu gia đình, tham gia vào một thí nghiệm và được ban sức mạnh đặc biệt.
Một cánh cổng từ 1 thế giới khác xuất hiện và tiếp theo sau đó là 1 cuộc xâm lăng của người ngoài hành tinh gồm những sinh vật bất khả chiến bại bước ra từ các cánh cổng . Phe bảo vệ trái đất là 1 tổ chức mang tên Border gồm các chiến binh bí ẩn sử dụng Trigger - 1 loại vũ khí của các sinh vật ngoài hành tinh để chiến đấu !!
Watanuki luông bị những Ayakashi này quấy nhiễu và cậu ta khao khát được thoát khỏi điều này. Vào một ngày nọ, khi đang chạy thoát khỏi một đám Ayakashi, Watanuki vô tình “bước” vào một ngôi nhà kì quặc giữa thành phố hiện đại. Tại đây, Yuuko Ichihara, chủ ngôi nhà này, bảo với Watanuki rằng nơi đó là một cửa hiệu biến ước muốn thành sự thật , và đổi lại là một cái giá cân bằng