Nữ thần Rista được giao cho nhiệm vụ cứu rỗi thế giới với độ khó lên đến cấp S. Cô đã triệu hồi một người anh hùng đến trên thế giới ấy để giúp cô đánh bại quỷ vương. Vị anh hùng cô triệu hồi chính là Seiya – một người có sức mạnh phi thường đến phi lý.
Ginta, một học sinh yếu kém thích chơi điện tử sống trên Trái Đất với người mẹ của mình, một nhà văn nghiện rượu và thuốc lá nặng, đã thấy giấc mơ của cậu thành sự thật khi tự mình khám phá ra một thế giới khác, nơi cậu có thể trở thành một người hoàn toàn khác. Đó chính là MÄR Heaven
Hoshimiya Eiji là một cậu bé trung học sống nội tâm,mong muốn thế giới bị hủy diệt. Mong muốn của cậu ta cũng trùng hợp với một loạt các thảm họa quy mô lớn mà đột nhiên quét qua toàn bộ hành tinh, dẫn đến cái chết thảm của hàng triệu người. Đồng thời, những người đặc biệt ở tất cả các nơi trên thế giới đều thực hiện mong muốn đó của cậu ta, và đã được cấp quyền hạn dựa trên Orders và Eiji là một trong số chúng. Eiji tự nhiên đi đến kết luận rằng cậu chịu trách nhiệm cho việc tiêu hủy.
Năm 2089, 89 năm kể từ chiến tranh vũ trụ thứ nhất, đã thay đổi cuộc sống của hai chủng tộc con người và Zentradi. Cả hai chủng tộc hiện đang chung sống hòa bình trên Trái Đất thì bỗng nhiên một chủng tộc mới xuất hiện trên hệ Mặt Trời tên là Marduk. Giữa chiến trường của Lực lương không gian Liên Hợp Quốc với hạm đội Marduk, phóng viên tập sự Hibiki đã phát hiện ra Ishtar
Not far from the town of Domina lives Shiloh, a boy who keeps hearing a voice in his dreams about a mission he must fulfill. But what mission could he be needed for remains unknown.