Là sequel của anime nổi tiếng Eureka Seven chiếu năm 2005. Câu chuyện lần này lấy bổi cảnh là đảo Iwado của Okinawa, trong thời gian gần đây bỗng nổi lên 1 phong trào đòi quyền tự trị. Nhân vật chính Ao Fukai sống cùng 1 ông bác sĩ già tên Toshio, cha cậu không rõ đã đi đâu còn mẹ cậu đã bị bắt cóc bởi 1 nhóm người lạ mặt 10 năm về trước. Cậu chơi thân với Naru Arata, 1 cô bạn chứa trong mình 1 sức mạnh có tên “yuta”.
Bộ anime này sẽ có dạng nhiều câu chuyện ngắn về những điều kỳ lạ và dị thường trên thế giới, bao gồm UFO, những sinh vật truyền thuyết, lời nguyền, những nền văn minh cổ đại, sức mạnh siêu nhiên, năng lực tâm linh, những sự kiện kì quái, những quy tắc khác lạ cùng các truyền thuyết đô thị sẽ được kể bằng các hình ảnh.
Có một truyền thuyết được truyền miệng từ những đứa trẻ - một truyền thuyết về một tử thần có thể giải phóng con người khỏi nỗi đau mà họ đang chịu đựng. Tử thần này có tên là Boogiepop. Nhưng đây không phải là một truyền thuyết hư cấu, vì Boogiepop có tồn tại.
Câu chuyện chủ yếu xoay quanh Ryogi Shiki, người thừa kế thành công sau nhiều thế hệ của gia đình Ryogi. Tỉnh dậy sau khi hôn mê 2 năm, Shiki phát hiện mình sở hữu một khả năng kì lạ: Đôi mắt thần bí nhìn thấy cái chết. Với một con dao làm vũ khí, Shiki đối mặt, chiến đấu và tiêu diệt những thứ từ siêu nhiên đến kì bí để khám phá quá khứ của chính mình.
5 năm trước, hầu hết dân làng Ootsuka đã phải chết vì một cơn bệnh dịch. Nhưng thật thần bí, có 3 người đã sống sót: 1 nữ 2 nam. Họ hiện đang sống tại một nhà thờ tách biệt với thế giới bên ngoài nhằm thoát khỏi sự truy sát của kẻ thù. Đặc biệt thay, Shino, một trong 3 người sống sót đã có được quyền năng của Murasame, thanh kiếm linh hồn. Thế nhưng, cuộc sống yên bình của họ đã kết thúc khi mà Tòa Thánh đã rắp tâm muốn chiếm đoạt Murasame