Ngàn năm trước, linh thú Thận cùng Huyền thủy tế ti Huỳnh tình như tỷ đệ, nhưng mà Thận tính tình ngỗ nghịch, đọa lạc ma đạo, cứ thế sinh linh đồ thán, Huỳnh vì cứu thiên hạ thương sinh hợp lực cùng tịch tộc lừa đem Thận phong ấn. Khi phong ấn, Huỳnh niệm tình xưa mà để cho Thận 1 con đường sống.
Một năm sau khi các sự kiện của loạt phim gốc, Jeremie Belpois , Odd Della Robbia , Ulrich Stern , Yumi Ishiyama và Aelita Schaeffer lại cuộc sống hàng ngày của họ và thói quen ở Kadic Academy. Tuy nhiên, họ sớm đi đến nhận thức rằng không đội trời chung ảo cũ của họ, XANA , đột nhiên lại xuất hiện và đã được succcessfully tái sinh với sức mạnh nhiều hơn và quyền lực hơn bao giờ hết.
Phineas và Ferb là những cậu bé thông minh và tháo vát. Cả hai cậu đã dành thời gian cả mùa hè để thực hiện những kế hoạch khó tin (dựng đường xe trượt quanh thành phố, làm bãi biển ở sân sau, trở thành ca sĩ, làm tên lửa lên mặt trăng)
Chín ngàn năm trước, Tiên Võ Đế Tôn dẫn đầu hàng triệu thần tướng đánh vào Thái Cổ Hồng Hoang nhưng không một ai trở về chỉ còn sót lại một luồng chân hoả ở thế gian.
Đội quân Thao Thiết tràn xuống thành phố Thiên Hà, Hùng Binh Liên được lệnh chiến đấu. Trong hoàn cảnh trận chiến đầu tiên thảm bại, toàn đội được tổ chức lại một cách có trật tự để phản công, dùng toàn bộ hỏa lực của Hạm đội Nam Hải đập tan chiếc tàu hỏa chủ lực của lực lượng dẫn đầu Thao Thiết cuối cùng đã giành được chiến thắng.