Phim Thần Thám Bao Thanh Thiên nội dung phim xoay quanh vụ án Li miêu tráo thái tử thời Tống Chân Tông. Phần lớn thời lượng kịch bản nói về việc Bao Thiết Sơn liều mình hy sinh tính mạng cứu vua Tống Nhâ
Jeon Nok Du là con trai của một gia đình quý tộc. Anh không vui vì gia đình đã sắp xếp cho anh cưới một cô gái trẻ. Để tránh cuộc hôn nhân, Jeon Nok Du bỏ nhà ra đi. Anh cải trang thành phụ nữ và đến một ngôi làng góa phụ. Ở đó, anh gặp Dong Dong Ju, người đang học việc để trở thành kỹ nữ.
Học bá Vật lý Hoa Nghê bất ngờ xuyên không đến thành Khổng Tước và vô tình trở thành thánh sứ của phái Khổng Tước. Hoa Nghê quanh quẩn giữa phái Khổng Tước coi cô như cái đinh trong mắt, và tổ chức sát thủ bí ẩn Bách Hoa Sát.
Dư Anh Nam và Dư Anh Kỳ đều mang bí mật của riêng mình ẩn cư tại một thôn nhỏ. Anh Nam cũng không biết nàng chính là được ca ca Anh Kỳ nhặt về nuôi, bởi vì nàng bị mất ký ức khi nhỏ. Mà người trong tộc Hỏa Lê của Anh Kỳ nhiều năm trước bị Xích Hồn Thạch ảnh hưởng, vẫn chịu đủ đan hỏa quấy nhiễu không yên, mọi người chỉ có thể chọn nơi đây ẩn cư.
Đến khi trưởng thành, do cha là Lục thần bộ đã hy sinh trong trận hỏa hoạn để cứu một tử tù mà ông cho là vô tội, nên Lục Thập Nghĩa quyết tâm trở thành một bộ phái nghĩa hiệp. Nhưng dưới thời phong kiến, phụ nữ không thể đảm đương các chức vụ cao trong xã hội, nên Lục Thập Nghĩa phải tìm mọi cách để chứng tỏ mình không thua kém nam nhi. Được sự giúp đỡ của quan huyện mới nhậm chức là Thủy Đông Lâu (Trần Hào đóng), Lục Thập Nghĩa đã phá được nhiều vụ trọng án, đồng thời rửa sạch oan tình cho mẹ