Phần mới này bắt đầu khi Tsubasa và đội tới Paris, Pháp để thi đấu trong Giải đấu Thanh niên Quốc tế. Các cầu thủ bóng đá ưu tú của Nhật Bản phải đối đầu với những cầu thủ xuất sắc nhất thế giới bóng đá, bao gồm Schneider của Đức
Cuộc sống cuả Shinozaki Mikoto - cậu học sinh lớp 10, là một chuỗi những công việc đều đặn, chán ngắt: đến trường, về nhà, đến trường và về nhà…. Cuộc đời cậu bắt đầu thay đổi khi cô bạn cậu thầm mến - Yuki Fukazawa, mời cậu vào câu lạc bộ đua xe đạp cuả trường và cậu đã từ chối với lí do không biết đi xe đạp
Cốt truyện của Texhnolyze từ đầu đã bị làm rối một cách cố ý?! Giống như các nhân vật chính, tất cả những gì bạn có thể làm chỉ là im lặng - ngừng suy đoán để đi theo nhịp phim – nhịp tim rất chậm chạp. Họ im lặng và khóc, họ im lặng đi bên nhau, họ im lặng làm việc, họ im lặng giết chóc! Nhân vật duy nhất có thể xoay chuyển được cục diện tối tăm là một cô bé luôn mang chiếc mặt nạ giống công chúa Mononoke với khả năng nhìn thấy được tương lai – rủi thay cũng ăn mặc rất kín đáo và có đôi mắt
Vào thế kỉ 21, EI-01 – một dạng sống ngoài hành tinh – xuất hiện phá hủy một tàu thăm dò ngoài quỹ đạo và rơi vào trái đất. Sau đó nó hấp thụ một số lượng lớn máy móc trên mặt đất và rồi biến mất không để lại bất kì dấu vết nào. Cũng cùng thời điểm này, 1 con sư tử máy bí ẩn tên Galeon đến trái đất cùng Mamoru, 1 cậu bé ngoài hành tinh. Galeon giao lại Mamoru cho 1 cặp vợ chồng nuôi dưỡng rồi bay đi. Sau sự việc EI-01 này chính phủ Nhật Bản thành lập 1 tổ chức bí mật để xử lý các vụ việc liên
Saiki Kusuo có một mảng rộng của các siêu cường tại lệnh của ông, trong đó có thần giao cách cảm và Telekinesis. Điều này có vẻ tuyệt vời, nhưng theo kinh nghiệm của Kusuo, siêu cường là không phải tất cả họ đang nứt lên được. Anh ta cố gắng sống một cuộc sống bình thường, mặc dù khả năng gây phiền nhiễu mình.