Phần mới này bắt đầu khi Tsubasa và đội tới Paris, Pháp để thi đấu trong Giải đấu Thanh niên Quốc tế. Các cầu thủ bóng đá ưu tú của Nhật Bản phải đối đầu với những cầu thủ xuất sắc nhất thế giới bóng đá, bao gồm Schneider của Đức
Vào thế kỉ 21, EI-01 – một dạng sống ngoài hành tinh – xuất hiện phá hủy một tàu thăm dò ngoài quỹ đạo và rơi vào trái đất. Sau đó nó hấp thụ một số lượng lớn máy móc trên mặt đất và rồi biến mất không để lại bất kì dấu vết nào. Cũng cùng thời điểm này, 1 con sư tử máy bí ẩn tên Galeon đến trái đất cùng Mamoru, 1 cậu bé ngoài hành tinh. Galeon giao lại Mamoru cho 1 cặp vợ chồng nuôi dưỡng rồi bay đi. Sau sự việc EI-01 này chính phủ Nhật Bản thành lập 1 tổ chức bí mật để xử lý các vụ việc liên
19 members of Inazuma Japan have been announced, and they will battle against the mysterious team "Orions Apostle" in the Football Frontier International.
Hai mươi năm trước, một tiểu hành tinh trên đường tiến đến Trái đất đã phá hủy Sao Diêm Vương, khiến các tiểu hành tinh trong quỹ đạo Sao Diêm Vương (gọi là Thanatos) tạm thời trì trệ.
Kazuma Kannagi bị coi là một kẻ vô dụng trong gia đình vì không thể lĩnh hội được Enjutsu, một khả năng điều khiển lửa. Sau khi thất bại trước Ayano Kannagi, một người cùng dòng họ trong buổi lễ chọn người thừa kế Enraiha, thanh kiếm được sử dụng bởi người đứng đầu gia đình, Kazuma đã bị đuổi đi. 4 năm sau đó, anh trở lại, giờ Kazuma đã lĩnh hội được Fūjutsu một khả năng có thể điều khiển gió. Không lâu sau khi trở về, anh đã gặp được Ayano và cậu em Ren, người cũng có năng khiếu bẩm sinh về