Ngày nọ, một cô nữ sinh cấp ba ngồi trong lớp học cùng những học sinh khác và giáo viên, đột ngột cả lớp bị cuộc chiến giữa Anh Hùng và Quỷ Vương ảnh hưởng khiến ai nấy đều chết. Linh hồn họ được chuyển về thế giới của Anh Hùng và Quỷ Vương, ai nấy đều sống một cuộc đời mới.
3x3 Eyes là câu truyện kể về những cuộc phiêu lưu của Pai là một Sanjiyan Unkara sống sót cuối cùng, và một Wu mới của cô- một bạn đồng hành bất tử-Yakumo, họ quyết hi sinh để làm cho Pai trở thành một con người để mà cô có thể quên đi quá khứ. Yakumo thì có thể chết lần với lòng trung thành của mình để bảo vệ Pai và sẽ chết khi cô chết, vì họ gặp và chạm trán nhiều tay sai của con quỷ Kaiyanwang, tất cả điều đó nhằm giết Pai và để chuyển sức mạnh của cô vào hắn và hắn sẽ trở nên bất diệt
Vào năm 1604, bốn năm sau trận chiến lịch sử Sekigahara. Người dân đang cố gắng khôi phục lại cuộc sống từ hậu quả của nó và tận hưởng sự thái bình vừa đạt được. Trong bối cảnh đó, Yuya Shiina, một nữ săn tiền thưởng từ việc bắt tội phạm, đã tóm một thầy thuốc lang thang, yêu chuộng hòa bình Mibu Kyoshiro vì tội ăn “quịt”. Đang tìm cáchdẫn Kyoshiro đi báo quan, đột ngột một con quái vật kì dị xuất hiện, đòi giết Kyoshiro. Trong khoảnh khắc cận kề cái chết, mắt của Kyoshiro chuyển sau màu đỏ
Ganta Igarashi – một cậu học sinh 14 tuổi đã từng may mắn thoát khỏi trận động đất 10 năm trước (nhấn chìm 70% bề mặt Tokyo xuống đáy biển) đột nhiên bị kết tội giết người hàng loạt sau vụ thảm sát tại lớp học
Gia tộc Phantomhive nhiều đời làm “người dọn dẹp” trong bóng tối của hòang gia Anh. Chủ nhân hiện tại của Phantomhive là Ciel Phantomhive, một cậu bé 12 tuổi với tính cách khá lạnh lùng. Ciel là người quản lý công việc kinh doanh của Phantomhive và cũng là người khiến nó ngày càng phát triển hơn. Phục vụ cho Ciel là quản gia Sebastian Michaels, một nhân vật đen từ đầu tới chân (cũng như từ trong ra ngòai). Cái tên của Sebastian cũng là do Ciel đặt, không ai biết rõ lai lịch của Sebastian.