Câu chuyện xảy ra vào thời Edo ở Tokyo vào những năm 1700. Tướng quân đời thứ 8 – Tokugawa Yoshimune đã cho người lập những hòm thư để người dân có thể bày tỏ nỗi lòng của mình. Sau đó ông đã lập nên lực lượng hành pháp Mushibugyou để bảo vệ người dân của mình. Mỗi một thành viên trong tổ chức đều là những người xuất chúng.
Năm 1939, Neuroi, một vật thể không xác định tấn công vào trái đất. Để chống lại Neuroi một loại vũ khí đã được đặc chế có tên là Strike Unit và một lực lượng có tên Strike Witches là những người mang trong mình sứ mệnh bảo vệ trái đất.
Giai đoạn kết thúc thời kỳ Edo, khác với thời đại chúng ta, thảm họa tự nhiên ập đến đánh thức tiềm tàng của con người. Manjiro kiếm sống bằng nghề giúp người dân trong thị trấn gặp khó khăn, nhưng đằng sau những việc đó ông cũng hoạt động bí mật để lấy lại đồ vật quý giá bị đánh cắp từ bọn có quyền thế và đe dọa trong thị trấn. Mọi người gọi ông là Get-backer Roman.
Tập phim OVA, giải thích thêm về sự kết thúc của Eureka Seven AO. A new episode split into five parts, further explaining the end of Eureka Seven AO.
SS3 sau giải đấu Queens Blade,Claudette lên ngôi. 4 năm sau, có một chiến binh nổi dậy đứng lên chống lại sự chuyên chế của Nữ hoàngmới. Đó là Annelotte và câu chuyện kể xoay quanh cô