Neo, Morpheus, Trinity và các đồng sự còn lại của mình tiếp tục cuộc chiến với những người nổi dậy của đế chế máy móc. Giờ đây ngày càng nhiều có nhiều con người được đánh thức khỏi ma trận và họ cố gắng để trở về với cuộc sống thực của mình. Và mặc dù ngày càng nhiều người được trở về với thực tại bọn người máy vẫn nổi dậy và cuộc chiến đã diễn ra tại thành phố Zion, thành phố duy nhất mà sự sống của loài người còn tồn tại.
câu chuyện về Octave - một nhân viên quảng cáo thành đạt trong nghề. Anh trẻ, năng động, trong đầu luôn đầy ắp ý tưởng sáng tạo để công ty có thể đưa ra chiến lược quảng cáo hiệu quả nhất, khiến cho người tiêu thụ bị “ám ảnh”, tin tưởng vào sản phẩm nhất. Mặt khác
Ichigo Kurosaki là một thiếu niên có khả năng nhìn thấy linh hồn. Cuộc sống của anh thay đổi nhanh chóng bởi sự xuất hiện đột ngột của một Soul Reaper-một trong những người điều chỉnh dòng chảy của linh hồn giữa thế giới con người và thế giới bên kia, tên là Kuchiki Rukia
Phim nói về các nhà khảo cổ phát hiện ra những manh mối về nguồn gốc của loài người. Những manh mối này dẫn họ tìm tới những góc tối tăm nhất, tận cùng của vũ trụ. Tại đó, họ phải đối mặt với một cuộc chiến đầy khiếp sợ để cứu tương lai của nhân loại.
Thế giới trong tương lai, khi mà 4% dân số sở hữu siêu năng lực nhưng 60% tai nạn lại do đối tượng này gây ra. Vì vậy, những người sở hữu siêu năng lực bị ruồng bỏ trong một xã hội mà công nghệ phát triển ở mức cao nhất. Các đối tượng này bị nhóm vào một cộng đồng thất nghiệp và họ sử dụng siêu năng lực như một phương thức mưu sinh.