Seth là một phù thủy đầy tham vọng từ khu vực Pompo Hills. Giống như tất cả các pháp sư, ông là một bị nhiễm, một trong số ít những sinh vật sống sót sau sự tiếp xúc của Nemesis - những sinh vật rơi xuống từ bầu trời làm ô nhiễm và phân hủy tất cả những người mà họ chạm vào.
bối cảnh thành phố Tokyo hiện đại trong tương lai.Một trường trung học cơ sở biến thành một trạm quản lí thời gian và không gian ở thế kỉ 24.Ở nơi này mọi người có thể đi đến tương lai và quá khứ để tìm hiểu được lịch sử, những kiến thức mà học sinh được học thực chất là một lời nói dối và buộc họ phải tìm về với những ngày xưa để biết thêm về nó.
Joe Higan là một Nukenin - một cựu ninja đã trốn thoát khỏi gia tộc của mình và đang trốn tránh quá khứ bạo lực của mình ở vùng nông thôn nước Mỹ cùng gia đình. Một đêm nọ, anh bị phục kích bởi một nhóm sát thủ từ tổ chức cũ của anh
Một ngày nọ, Digimon Xros Loader bỗng xuất hiện trước mặt Taiki, là 1 cậu bé có trái tim nhân ái, và nghe được tiếng kêu cứu của Shoutmon. Digimon Xros Loader có thể giúp cho Digimon tràn đầy năng lượng. Và Taiki được chọn làm General. Taiki và bạn mình rơi vào thế giới song song, thế giới số. Tại đó, xuất hiện những tên địch nhằm tiêu diệt Taiki và các bạn. Một cuộc chiến xảy ra, Taiki và Shoutmon với sức mạnh của Digimon Xros Loader chống lại kẻ địch.
Sakura Mami từng là một học sinh lớp 7 bình thường, nhưng Mami đã nhận ra siêu năng lực tiềm ẩn trong con người mình với sự giúp đỡ của cậu bạn tốt bụng Takata. Nhờ Takata, những tiềm năng trong Mami dần được nảy nở. Cô quyết định gánh trách nhiệm nặng nề của một siêu nhân và cứu giúp nhiều người. Tuy đôi lúc, bí mật của Mami tưởng chừng bị khám phá nhưng với sự thông minh của Takata, cô đã giữ được bí mật và tiếp tục sứ mệnh cứu giúp con người.