Sau buổi THE REFLECTION, một số người ở khắp mọi nơi trên thế giới đã khám phá sức mạnh siêu nhiên. Một số thì trở thành anh hùng, một số thì theo tà phái. Reflection diễn ra như thế nào? Nguyên nhân của nó là gì? Với nhiều bí ẩn chưa được giải quyết, thế giới đang dần hỗn loạn
Câu chuyện sẽ kéo dài trong 1 thế kỷ và 3 thế hệ của Gundam Pilots. Vào năm A.G. (Advanced Generation) 101 — vài trăm năm sau khi con người có thể di trú ra những colony ngoài vũ trụ — Unknown Enemy [ Kẻ thù chưa được biết đến ] (UE) bất ngờ tấn công vào colony Angel và phá hủy nó. Thảm họa gây nên cái chết của vô số người đã được biết đến sau đó là "The Day the Angel Fell From the Skies." [ Ngày mà những thiên thần rơi xuống từ bầu trời ] 7 năm sau, cuộc chiến với UE xảy ra tại 1 colony yên
hành trình leo lên đỉnh một tòa tháp bí ẩn của nhân vật chính – Bam 25th để tìm lại người bạn thân Rachel của mình. Trong cuộc phiêu lưu nguy hiểm nhưng cũng vô cùng thú vị này, Bam 25th đã gặp gỡ nhiều người bạn mới và đối đầu với không ít đối thủ mạnh mẽ. Trải qua những thử thách không tưởng ở mỗi tầng, bí mật về chính Bam 25th và tòa tháp dần được hé lộ.
Được sinh ra bởi một phi tần xinh đẹp nhưng có địa vị thấp kém, Hikaru Genji còn được gọi là Hoàng tử ánh sáng và là nhị hoàng tử yêu quý của Hoàng đế. K thể thừa kế vương vị, Genji đã hiến cuộc đời mình cho những thú vui và tình yêu. Chàng đã yêu một người, rất lâu, một người mà sức mạnh của một Hoàng đế cũng không thể mang nàng tới bên chàng.
Tỉnh dậy ở thế giới mới với trang bị full giáp full vũ khí, Cuộc đời tiếp theo của cậu tưởng chừng sẽ rất sung sướng nhưng đời chẳng như mơ, cậu được tặng kèm 1 thân hình "Skeleton" với khuôn mặt Ngáo. Trên đường đi tìm thuốc giải cho cơ thể mình, cậu thu phục được 1 con pet và hợp tác với một cô nàng Dark Elf xinh đẹp.