Câu chuyện được bắt đầu ở một làng quê yên tĩnh, nơi đây có nhiều động vật và người chết bất thường trong một sự cố lạ đời. Để giải quyết vụ án, một người đàn ông có vẻ ngoài kì quặc tên là “Inugami” đã tới từ Tokyo để điều tra.
Gundam Breaker Battlogue Project hướng tới củng cố mối liên kết giữa series game Gundam Breaker và các mẫu ráp hình Gundam (gunpla). Các Mobile Suit với thiết kế mới này sẽ xuất hiện trong cả game lẫn ngoài đời thực (mô hình gunpla).
Ở thành phố thịnh vượng Russell, một lời tiên tri đe dọa sẽ làm khuấy động thế giới bắt đầu được nổi dậy. Một người đàn ông tên Sword là người đầu tiên nghe được kế hoạch náo động này và anh đã tự dấn thân mình vào cuộc chiến trong bóng tối với mục đích vạch mặt kế hoạch đó.
Câu chuyện diễn ra trong thế kỷ 21. Do thực tế rằng ô nhiễm đã trở thành một vấn đề lớn, các nhà khoa học đã phát triển việc sử dụng nhiên liệu hydro được gọi là HBT như là một thay thế cho nhiên liệu hóa thạch. Vào thời điểm này, con người đã xâm chiếm sao Hỏa để tìm kiếm địa điểm mới để gọi về nhà là kết quả của sự bùng nổ dân số.
Nữ nhân vật chính đang dạo quanh Kyoto Đột nhiên cô được một người đàn ông lạ mặt tặng cho một chiếc đồng hồ bỏ túi bí ẩn. Cô cầm theo chiếc đồng hồ, và khi đi ngang qua cổng ngôi đền torii, cô đã bị dịch chuyển về quá khứ, đến thời đại Mạc Mạt (Bakumatsu) - những năm cuối cùng của thời đại Edo, cách thời điểm hiện tại là 150 năm. Cô phải tìm cách trở về nhà thời hiện tại, nhưng làm thế nào đây?