Đây là phần cuối cùng của Initial D First Stage giờ đây Takumi và Shinji của trận đấu như vậy, khai mạc vào ngay lập tức. Shinji được đưa ra dẫn trước. Bunta bước ra khỏi cửa hàng đậu phụ và phá vỡ keypouch của mình sau khi vô tình bị rơi xuống. Bunta đoán một sự kiện không may sẽ xảy ra.
JD (Junk Dog) tham gia vào những trận đấu boxing được dựng sẵn trong một sàn đấu để kiếm sống. Nhưng hôm nay, anh tham gia và vòng đấu đó một lần nữa, nhưng giờ anh gặp một người đặc biệt. JD muốn chấp nhận thách thức mà sẽ khiến anh mất mọi thứ.
Shirahama Kenichi là một học sinh học lực trung bình và bị gán cho cái biệt danh "Funuken" vì luôn bị bắt nạt. Một ngày đẹp trời, đi học về cậu gặp Furinji Miu, cô nàng này đã tạo động lực cho Kenichi học võ và cậu quyết định theo học ở võ đường nơi Furinji sống. Ở đây, Kenichi giáp mặt với nhiều cao thủ với những thế mạnh ở các môn võ khác, và những ngày tháng yên bình của Kenichi đã... Liệu Kenichi có thể trở nên mạnh hơn?
Bối cảnh diễn ra Rail Wars là tại một thế giới song song, nơi mà Nhật Bản không tư nhân hóa ngành đường sắt quốc gia. Naohito Takayama – một cậu học sinh trung học bình thường với mơ ước được làm việc cho Cục đường sắt quốc gia. Cậu được chỉ định vào nhóm thực tập sinh thuộc Lực lượng Bảo an Đường sắt. Trong nhóm còn có Aoi Sakurai, một cô nàng kỳ quái rất ghét con trai. Ngay trong ngày đầu chuyển đến, Naohito đã đụng độ với một nhóm cực đoan tự xưng là “RJ” luôn âm mưu tư nhân hóa ngành đường
Shizuma Orikasa, một cựu samurai của tộc Aizu, đã từ bỏ thanh kiếm, cởi bỏ búi tóc và làm nghề lái xe kéo ở Tokyo, nhưng anh vẫn giữ được những kỹ năng kiếm thuật gây chấn động quân đội chính phủ trong Chiến tranh Boshin