Đất nước của những Samurai. Có một thời đất nước chúng tôi được gọi như vậy. 20 năm trước… Những kẻ ngoài hành tinh tự xưng là Amanto đột ngột đổ bộ xuống và thiết lập lệnh cấm mang kiếm. Samurai giờ đây bị khinh rẻ, coi thường. Trong thời đại như thế, vẫn còn một người đầy tinh thần samurai. Tên anh ta là Sakata Gintoki.
được đặt trong một thế giới song song, diễn ra sau các sự kiện của trò chơi đầu tiên, và phát triển câu chuyện theo sự kiện của ba nhân vật chính - Ryouhei Haizaki, Asuto Inamori, và Yuuma Nosaka.
câu chuyện về Hida Kizun, một người thanh niên theo yêu cầu của chị gái mình đã đến học viện quốc phòng chiến lược ataraxia .Oử đây anh đã gặp được một người con gái tên Chidorigafuchi Aine , cô gái này mang trên mình một chiếc áo giáp ma thuật Zerosu.Cô gái này là một điều gì đó được cho là ẩn số đặc biệt, tại sao cô lại có chiếc áo giáp ma thuật đó?
Cậu thiếu niên Tandoji Alma đang sống cuộc đời cô độc, bị bạn bè xa lánh ở một thành phố cảng thuộc vùng Kantou thì bỗng dưng Aiba Ruri - một cô gái lạ mặt đến xin nhờ cậy sức mạnh "Sacred Seven" mà cậu sở hữu. Tuy vây, Alma ngay lập tức từ chối, vì trong quá khứ sức mạnh này dã từng bị mất kiểm soát, khiến cậu đả thương rất nhiều người xung quanh.
Với sự giúp đỡ của văn phòng nợ Zombie Loan, họ đã có được cuộc sống thứ 2, tuy nhiên mạng sống của họ lại được mua bằng tiền nên 2 người đó đã trở thành những thợ săn Zombie, với mục đích kiếm tiền để đổi lấy tự do.