Chuyện diễn ra tại 1 nơi mà con người đã làm chủ được bầu trời. Nơi đây tồn tại 1 chủng tộc người khác được biết đến dưới tên gọi Edel Raid. Họ ngoài hình dáng giống con người ra chỉ khác ở chỗ trên cơ thể họ có gắn thêm viên đá Erementar Gerad.
Rachel (13 tuổi) tỉnh dậy và thấy mình bị mắc kẹt trong tầng hầm của một tòa nhà bỏ hoang. Không còn nhớ gì cả thậm chí là một manh mối, cô lang thang trong tòa nhà, mệt mỏi và chóng mặt. Rồi cô tình cờ gặp một gã quấn khăn khắp mình, tự giới thiệu mình là Zack và cầm một thứ như lưỡi liềm.
Sau khi thế giới Digimon có được hòa bình nhờ vào sự giúp đỡ của 8 đứa trẻ đến từ thế giới loài người. Nhưng Tứ Linh lúc này vẫn còn bị kẹt trong phong ấn của Dark Master do Apocalymon tạo ra và để có thể được giải thoát
Câu chuyện kể về chuyến hành trình hướng tới ước mơ của Satoshi và Pikachu. Những đồng đội đã từng du hành trước kia như Kasumi và Takeshi, cũng như các Pokémon mà Satoshi đã từng thu phục và hình thành mối liên kết sâu đậm khắp các vùng cũng sẽ xuất hiện.
Season 2 của Jormungand, sẽ nối tiếp câu chuyện từ season 1. Câu truyện xoay quanh Koko Hekmatyar, một nữ thương gia buôn vũ khí trẻ tuổi làm việc cho tập đoàn vũ khí HCLI. Vì làm cho một công ty buôn bán vũ khí bất hợp pháp nên Koko phải bí mật bán vũ khí ở nhiều quốc gia trong khi cố gắng tránh khỏi sự theo dõi của cơ quan pháp luật. Đồng hành cùng với cô là các anh chàng vệ sĩ - đa phần đều là những cựu binh dày dặn kinh nghiệm. Thành viên mới nhất của nhóm là Jonah, một tay lính nhỏ tuổi