Yoshiwara is besieged by a mysterious incense that has the ability to make whoever smell it fall for the first person they see; poor Tsukuyo is hit, her already secret attraction with Gintoki intensified. In trying to gather the incense, Tsukuyos slip-up causes the entire district to be affected by the smoke, including the Yorozuya (and Tae, Kyuubei, and Kondou who happened to be there at the time).
Trong một thế nơi nơi chỉ có nữ giới mới có thể lập giao ước với các Tinh linh và dùng sức mạnh của chúng, tự nhiên lòi đâu ra một thằng tên Kazahaya Kamito có thể làm được điều đó. Và tệ hơn nữa là sau khi thó mất một Tinh linh hình kiếm có thể hóa thành gái từ một cô nàng tên Claire, cậu bất đắc dĩ thành slave cho nhỏ đó luôn.
Chuyển thể từ phần game thứ 2 và tiếp nối ngay sau sự kiện phần 1 với nét vẽ đẹp hơn, những trận chiến hoành tráng hơn, nội dung đen tối hơn và nhạc nền vẫn tuyệt như vậy. Sau khi đánh bại Dark Fact, Adol được đưa tới vùng đất Ys thật sự đang lơ lửng trên bầu trời. Định mệnh của cậu giờ mới bắt đầu.
Rohan Kishibe đi cùng Kyouka Izumi, một biên tập viên tạp chí manga, đến một ngôi nhà mua ở một ngôi làng cách xa nền văn minh. Họ sớm phát hiện ra ngôi làng là quê hương của một nhóm triệu phú, tất cả đều trở nên giàu có ở tuổi 25. Rohan và Izumi bước vào một trong những ngôi nhà, chỉ để nhận ra rằng họ đang bị mắc kẹt bởi một sức mạnh bí ẩn sẽ không cho họ tiến bộ trừ khi họ tuân thủ các quy tắc cụ thể mà họ không chịu hậu quả.
Đối với fan của Series Macross thì không còn gì lạ và sẽ biết chuyện gì xảy ra từ năm A.D. 2009 của series cho đến mốc thời điểm của Macross Plus.