Một năm sau Đợt Nổi Loạn Đen (Black Rebellion), Zero, kẻ thù số một của Thánh Chế Britannia nay đã chìm vào quá khứ trong sự hả hê của Britannia cũng như sự tiếc nuối của người dân Nhật Bản. Trong R2, nội dung được mở rộng ra cả thế giới khi nói đến Liên Bang Trung Hoa và Liên Hiệp Châu Âu
Một ngày nọ, Thần Vận Mệnh của Trái đất và Thần Lãnh Đạo của Galdardia đã đặt cược. Thần Vận Mệnh đã thua và chọn mười linh hồn tầm thường để trao đổi. Đối với mười linh hồn đó, Thần Lãnh Đạo của Galdardia đã trao cho họ những vị thể mới.
Ngày còn nhỏ, Daisuke Dojima đã từng bị bắt cóc, sau đó được một cô gái kì lạ giải cứu và nói những lời tiên tri ấy với cậu. Thế nhưng không ai tin lời cậu nói cả. Dù vậy cậu vẫn tin theo lời tiên tri ấy dù cho người khác có nói gì.
Bác sĩ Ido, một bác sĩ và một thợ cơ khí sống và làm việc ở nơi tận cùng của thế giới, bãi rác thải hậu tận thế, đã vô tình phát hiện ra một nữ chiến binh cực kỳ mạnh mẽ, mất trí nhớ trong một đống rác phế liệu.
Thiên thần Alexiel do hợp tác với yêu tinh mà bị thượng đế trừng phạt mà đầu thai làm con người là Sestuna Mudo và đem lòng yêu chính em gái của mình.Vì thế Mudo bị mọi người khinh rẻ,cả người mẹ cũng chối bỏ anh.Chỉ có Kỉra-senpai ở bên anh,nhưng Kira cũng không phải con người,và anh cũng mang trong mình 1 bí mật ....đáng thuơng ! Rosiel em trai của Alexiel không chịu được cảnh chị mình là Alexiel yêu người con gái khác nên muốn giết chết Sara.Cuối cùng để bảo vệ Sara Kira-senpai,thiên thần