Lấy bối cảnh thế giới nơi nhân loại mất quyền kiểm soát đại dương vào tay "hạm đội biển sâu", hi vọng duy nhất chống lại hiểm họa này là những Kanmusu, một nhóm những cô gái mang trong mình linh hồn chiến hạm Nhật Bản.
ở thế kỷ 15 tại Pháp trong cuộc chiến suốt cả Trăm năm với nước Anh. Montmorency, con trai của một quý tộc, đắm mình trong việc học phép thuật và thuật giả kim tại một trường học dành cho các hiệp sĩ. Tuy nhiên, sau khi Pháp thất bại tại Agincourt, ngôi trường này đã tan rã và Montmorency buộc phải trốn chạy. Trong khi chạy, cậu gặp một cô gái thôn quê thần kỳ tên là Jeanne
7 triệu năm lịch sử của loài người đang đứng trước thời khắc kết thúc dưới bàn tay của thần thánh. Để ngăn cản điều này, Valkyrie quyết định đề xuất cho loài người một cơ hội chống lại quyết định của thần thánh. Một cuộc chiến giữa 13 con người mạnh nhất và 13 vị thần mạnh nhất mang tên Ragnarok để giành lấy quyền tồn vong của nhân loại.
Buddy Complex Final Chapter: In the Future When We Return to Those Skies, Buddy Complex: Kanketsu-hen - Ano Sora ni Kaeru Mirai de, Buddy Complex Special
Thảm kịch "Bloody Valentine" đã leo thang thành một cuộc chiến giữa Liên Minh Trái Đất và ZAFT. Cuộc chiến ngày càng trở nên nghiêm trọng. Khiến rất nhiều sinh mạng phải hy sinh, họ đã đạt được thỏa thuận ngừng bắn sau cuộc chiến thứ hai ở Yakin Do. Tuy nhiên, thỏa thuận ngừng bắn đã không hoàn toàn khắc phục được xung đột giữa Naturals và Coordinators.Trong suốt cuộc chiến, Shinn Asuka đã tham gia vào Liên Minh Trái Đất để thâm nhập vào Orb. Trong lúc thoát khỏi đám cháy, cậu ta đã mất cha mẹ