Cậu thiếu niên Tandoji Alma đang sống cuộc đời cô độc, bị bạn bè xa lánh ở một thành phố cảng thuộc vùng Kantou thì bỗng dưng Aiba Ruri - một cô gái lạ mặt đến xin nhờ cậy sức mạnh "Sacred Seven" mà cậu sở hữu. Tuy vây, Alma ngay lập tức từ chối, vì trong quá khứ sức mạnh này dã từng bị mất kiểm soát, khiến cậu đả thương rất nhiều người xung quanh.
Cốt truyện của Gundam X nói về thời đại sau cuộc chiến tranh giành độc lập của các Colony, khi con người phải cố gắng tồn tại trong một thế giới bị ô nhiễm nặng nề vì hậu quả của cuộc chiến. Thế giới khắp nơi loạn lạc, các nhóm thu gom phế liệu Vulture nổi dậy. Và câu chuyện bắt đầu khi lời đồn về Newtype - những người được cường hóa sóng não trong thời chiến - trở lại, và sự xuất hiện của kẻ hủy diệt năm xưa: Gundam X. Gundam X lấy hệ thời gian là After War, và thời điểm bắt đầu là After War
Phần thứ 5 này diễn ra tại Kanagawa, một lần nữa Takumi Fujiwara sẽ phải biểu diễn kỹ năng tuyệt đỉnh của mình với chiếc xe 86 (Hachi-roku) huyền thoại.
Seth là một phù thủy đầy tham vọng từ khu vực Pompo Hills. Giống như tất cả các pháp sư, ông là một bị nhiễm, một trong số ít những sinh vật sống sót sau sự tiếp xúc của Nemesis - những sinh vật rơi xuống từ bầu trời làm ô nhiễm và phân hủy tất cả những người mà họ chạm vào.
Takumi Fujiwara và những người anh em Keisuke và Ryousuke đã quyết định thành lập đội đua “Project D”.Thông qua internet,họ gửi lời thách đấu đến những đội đua khác cũng như công bố kết quả các cuộc đua.Ryousuke là quản lý của Project D,Takumi đảm trách các vòng đua đổ dốc trên chiếc AE86 còn Keisuke chuyên về các vòng đua lên dốc.Họ phải đương đầu với rất nhiều đội đua mạnh như Seven- Star Leaf và Todo-juku.Trước sự sôi nổi của Project D,Bunta-cha của Takumi cũng quyết định từ giã kỳ nghỉ hưu