Cốt truyện xảy ra vào 10 năm sau của Yu-Gi-Oh phần đầu. Lúc này Yugi Muto đã trở thành một tượng đài bất diệt trong làng bài ma thuật. Nhân vật chính của series là Yuki Judai, một thiếu niên đam mê bài ma thuật quyết tâm trở thành Vua đấu bài. Cậu tham dự kỳ thi tuyển vào học viện đào tạo bài thủ Duel Academy và được xếp vào nhà Osiris Red.
Will, một cậu bé con người được sinh ra với ký ức mơ hồ về kiếp sống trước của mình. Cậu được ba undead nhận nuôi từ khi chỉ mới lọt lòng. Suốt thuở ấu thơ sống tách biệt với thế giới bên ngoài, cậu vô thức nhận ba kẻ dị loài kia trở thành gia đình của mình khi nào chẳng hay.
Theo như phiên bản hiện tại của câu chuyện (từ thời Edo), Momotarō xuất hiện từ bên trong một quả đào khổng lồ, quả đào đang trôi dạt trên dòng sông thì tình cờ được một bà lão đang giặt đồ gần đó vớt lên. Gia đình ông bà lão này đã lớn tuổi mà vẫn chưa có con, bà lão đem quả đào về nhà định bụng sẽ ăn cùng ông lão nhưng hai vợ chồng ông bà rất ngạc nhiên khi bổ quả đào ra thì thấy một cậu bé nắm trong đó.
Trong thời kỳ phong kiến của Nhật Bản, có một cuộc chiến giữa hai gia tộc ninja: Byakuro và Kabusu. Một đêm, Kabusu tổ chức một cuộc tấn công dữ dội vào lâu đài Byakuro với hy vọng bắt cóc công chúa trẻ sơ sinh của gia tộc.
Chuyển thể từ game Dragon Ball Heroes, câu chuyện mới nhất “Hành Tinh Hắc Ám” kể về một kẻ tên là Fu, hắn sử dụng Dragon Ball để triệu hồi một Saiyan độc ác, hắn ta bắt đầu giam giữ tất cả các chiến binh vĩ đại nhất của Trái Đất và xích các hành tinh lại với nhau. Nội dung của bộ phim sẽ dựa trên