The Angelic Guard, who call the heavens their home, have been tasked with collecting the orbs scattered across the world. Lucifer—a leader of the Angelic Guard with a rebellious streak, said to wield power rivaling the Almighty—carries out her duty along with Uriel, also a leader of the guard.
Vào thế kỉ 21, EI-01 – một dạng sống ngoài hành tinh – xuất hiện phá hủy một tàu thăm dò ngoài quỹ đạo và rơi vào trái đất. Sau đó nó hấp thụ một số lượng lớn máy móc trên mặt đất và rồi biến mất không để lại bất kì dấu vết nào. Cũng cùng thời điểm này, 1 con sư tử máy bí ẩn tên Galeon đến trái đất cùng Mamoru, 1 cậu bé ngoài hành tinh. Galeon giao lại Mamoru cho 1 cặp vợ chồng nuôi dưỡng rồi bay đi. Sau sự việc EI-01 này chính phủ Nhật Bản thành lập 1 tổ chức bí mật để xử lý các vụ việc liên
Đã hai năm trôi qua kể từ cuộc đột kích của CCG trên Anteiku. Mặc dù khí quyển ở Tokyo đã thay đổi mạnh do ảnh hưởng của CCG, ghoul vẫn tiếp tục gây ra vấn đề khi họ bắt đầu thận trọng, đặc biệt là tổ chức khủng bố Aogiri Tree, người thừa nhận mối đe dọa ngày càng tăng của CCG đối với sự tồn tại của họ.
Kazuma Kannagi bị coi là một kẻ vô dụng trong gia đình vì không thể lĩnh hội được Enjutsu, một khả năng điều khiển lửa. Sau khi thất bại trước Ayano Kannagi, một người cùng dòng họ trong buổi lễ chọn người thừa kế Enraiha, thanh kiếm được sử dụng bởi người đứng đầu gia đình, Kazuma đã bị đuổi đi. 4 năm sau đó, anh trở lại, giờ Kazuma đã lĩnh hội được Fūjutsu một khả năng có thể điều khiển gió. Không lâu sau khi trở về, anh đã gặp được Ayano và cậu em Ren, người cũng có năng khiếu bẩm sinh về
Câu chuyện bắt đầu với nhân vật chính là Mayumi Doujima, một học sinh trung cấp hay gặp rắc rối ở Học viện Yubiwa. Mayumi đã vô tình gặp gỡ và kết bạn với “Trinh thám xinh trai”, năm chàng trai cực đẹp, quá đẹp nhưng lập dị và được đồn đại là chuyên gia giải quyết các câu chuyện bí ẩn tại trường thông qua một CLB phi lợi nhuận.