Câu chuyện diễn ra ở thời điểm năm 2020, khi nhân loại đối mặt với đại dịch Coro... À khoan! Nhầm rồi. Câu chuyện diễn ra ở tương lai năm 2030, con người phải đối mặt với một đại nạn virus tên Gibia (tên gọi của lớp Côn trùng)
Quà tặng, một thế giới bao phủ trong lấp lánh tinh thể màu xanh gọi là gifdium. Sougo Amagi là một cậu bé sống ở thành phố Garden Indigo, nơi đã phát triển lớn mạnh từ việc khai thác những tinh thể này.
Trong phim, nhân vật chính là Ash Ketchum VK cùng những người bạn của cậu như: Brock, Misty, Tracey, May, Max và Dawn. Và dĩ nhiên, không thể thiếu chú Pokémon điện nhỏ màu vàng Pikachu. Ash vượt qua 5 vùng đất trong vương quốc Pokémon (Kanto, Orange, Johto, Hoenn và Sinnoh) để giành được danh hiệu nhà huấn luyện Pokémon vô địch (Pokémon Master). Cứ mỗi cuộc hành trình vào các vùng đất, cậu lại làm quen với những người bạn mới và thu phục các Pokémon mới.
Hiro có thể nhìn thấy Digimon sau khi kích hoạt một "Digivice" mà cha anh đã để lại cho anh. Cùng với Digimon Gammamon, họ điều tra những hiện tượng bất thường xảy ra xung quanh trong cuộc sống hàng ngày của họ, và từ từ bước chân vào thế giới của Digimon.
Trong năm 2059, trái đất đã bị người ngoài hành tinh xâm nhập trong nhiều năm. Trong một nỗ lực để tìm hiểu thêm về những người ngoài hành tinh này, Tiến sĩ Noguchi và các trợ lý Maki Agata và Takuto Kaneshiro cố gắng hồi sinh một người ngoài hành tinh cơ học lớn tên là Frank.