Kano Kyosuke đã từng sống dưới bóng của Seisuke, người anh trai thành công của cậu ấy, trong bóng đá. Chán nản cậu trở về Nhật bản và lèm quen với những người bạn mới, rồi dần tìm lại được niềm vui trong bóng đá.
Năm U.C 0087, 7 năm sau One Year War. Titan, một tổ chức tập trung tất cả tinh túy của Earth Federation được thành lập nhằm tiêu diệt những thế lực chống đối. Tuy nhiên Titan sớm trở nên mất kiểm soát, thi hành những chính sách tàn bạo với cả Trái Đất và không gian. Để chống lại Titan, những người dân bất mãn, thành viên cũ của Zeon và cả những người lính Federation tập hợp lại và thành lập tổ chức Anti-Earth Union Group hay AEUG. Một cuộc chiến mới đã bắt đầu.
Đã từ rất lâu, quốc gia này bị vây quanh bởi Đế Quốc Giadian, nơi chế tạo những drone được gọi là Legion. Sau nhiều năm nghiên cứu, Cộng Hòa đã chế tạo thành công những drone tự động, biến trận chiến 1 chiều thành cuộc chiến không thương vong—hoặc ít nhất thì đó là những gì chính quyền tự nhận.
Quyết tâm chiến thắng giải J cadet (giải đua mở rộng dành cho các tay đua thiếu niên Nhật Bản), Capeta ráo riết đuổi theo Isamu và Takeshi, hai tay đua của Autohouse. Cuối cùng, cậu đã vượt qua hai tay đua trên và giành chiến thắng tại vòng đua cuối.
Mireille Bouquet là một sát thủ chuyên nghiệp. Cô đã cùng cô gái Nhật Kirika Yumura làm "một cuộc hành hương về quá khứ". Họ cùng nhau tìm sự thật về một tổ chức hàng ngàn năm tuổi đã kiểm soát cuộc sống của họ kể từ khi sinh ra. Và đầu mối duy nhất trong cuộc tìm kiếm của họ, tên mật của họ: một cái tên nói đến một thiên mệnh cổ xưa, của hai thiếu nữ cai quản cái chết - Noir được xem là anime đầu tiên trong bộ 3 anime về girls-with-guns gồm Noir, Madlax và El Cazador de la Bruja.