Yu-Gi-Oh! là câu chuyện kể về Yugi Muto, một học sinh trường Domino. Tính tình nhút nhát, hiền lành. Cậu là cháu nội của Surodoku Muto. Trước đây, ông cậu vốn là một kiện tướng chơi trò chơi cực kì xuất sắc. Từ nhỏ, ông cậu đã dạy cậu chơi các trò chơi, và ông còn cho cậu một bộ xếp hình. Trong khoảng gần bảy năm, cậu đã tìm tòi và đã lắp ráp được thành Trò chơi ngàn năm(Millennium Puzzle).
Lento, một Mạo hiểm giả nuôi dưỡng ước mơ đạt được danh hiệu hạng nhất, đã gần mười năm dậm chân ở mức rank Đồng. Như mọi hôm, Lento đơn độc một mình thăm ngàn trong [Mê Cung Thủy Nguyệt] để kiếm sống qua ngày. Nhưng hôm nay anh lại bắt gặp [Rồng] trong mê cung Dành Cho Lính Mới này
Câu chuyện xảy ra vào 20 năm đầu của Thiếu Niên Ca Hành, khi đó Bách Lý Đông Quân vẫn còn là một độc tôn được nhận vô vàng sủng ái của Trấn Tây Hầu phủ. Tuy hắn có phụ thân võ công tuyệt thế và mẫu thân gia chủ Ôn gia, nhưng lại không thích tập võ, chỉ yêu thích chưng cất rượu
câu chuyện kể về những biến đổi trong một tương lai không xa, con người đã thiết kế nên những trò chơi đặc biệt bằng những lá bài được gọi là “Battle Spirit” khi người chơi bắt buộc phải chấp nhận đối mặt với nhau, tính phổ biến của trò chơi này lúc đầu khá ít nhưng dần nó đã phát triển mạnh mẽ và đã trở nên phổ biển hơn trong thế giới.
Vào thời Edo, Rin, con gái của một đường chủ võ đường đã bắt đầu cuộc hành trình báo thù cho cha mẹ mình. Trên chặng đường, Rin đã tìm đến một người được mệnh danh là Bách Nhân Trảm (Giết trăm người) có tên là Manji để cầu xin sự giúp đỡ của anh. Và từ đó cuộc hành trình báo thù của Rin và Manji, người đàn ông bước đi trong dòng đời bất tận bắt đầu từ đây