Quỷ Cốc truyền nhân – quý tộc nước Hàn là Vệ Trang, 12 năm trước vốn là đồng môn sư đệ với Cái Nhiếp, lúc nào cũng nung nấu ý định đánh bại Cái Nhiếp, đoạt lấy danh hiệu đệ nhất kiếm. Vì vậy y đã bất chấp nhục thân, tu luyện cấm thuật của Quỷ Cốc phái, thực lực cao thâm khôn lường. Lý Tư dùng Cái Nhiếp làm mồi nhử, dụ Vệ Trang xuất kích.
Mở đầu câu chuyện, Takemichi 26 tuổi, là một cậu thanh niên thất nghiệp, sống tại Tokyo nhận được tin cô bạn gái duy nhất của mình từ hồi sơ trung – Hinata qua đời trong một vụ ẩu đả giữa các băng nhóm tội phạm. Trong khoảnh khắc khi Takemichi bị đẩy xuống đường ray xe lửa,
Bối cảnh phim diễn ra tại Tokyo năm 1969. Trái đất đang bị tấn công bởi những kẻ xâm lược (Invader).. Tuy nhiên công chúng lại không hề biết điều này. Để chống lại những cuộc tấn công của Invader, một tổ chức bí mật là A.E.G.I.S đã được thành lập.
Dựa theo Nitro+ visual novel Phantom of Inferno. Tại thế giới ngầm bên Mỹ, hàng loạt tên trùm các băng Mafia lần lượt bị ám sát, có tin đồn đó là do một tổ chức mang tên "Inferno" gây ra với các sát thủ mang biệt danh "Phantom". Một chàng trai trẻ người Nhật đang đi du lịch bên Mỹ tình cờ chứng kiến một vụ thảm sát, đáng lẽ sẽ bị bịt miệng nhưng lại trở thành một "Phantom" phục vụ cho tổ chức Inferno...
Ninja tưởng chừng như đã bị tiêu diệt sau Thế chiến thứ 2 nhưng thực ra họ vẫn còn tồn tại cho đến ngày nay, chỉ là không thực hiện nhiệm vụ công khai mà thôi.