Câu chuyện bắt đầu khi cô bé Satsuki tìm được cuốn sách của người mẹ đã mất, ghi chép về cách xua đuổi những bóng ma. Cũng kể từ đó mà những hồn ma luôn làm phiền, ám hại cuộc sống xung quanh cô
The story is set 10 years after Basilisk: Kouga Ninpou Chou in 1626. Câu chuyện xảy ra 10 năm sau bộ Basilisk: Kouga Ninpou Chou năm 1626
Mặc dù là cô gái lạc quan, song Yui Komori thường hay gặp rắc rối bởi vì khả năng nhìn thấy linh hồn và cảm nhận được những hiện tượng siêu nhiên. Năm 2 phổ thông, cô chuyển đến một ngôi trường mới – một ngôi trường dạy buổi tối dành cho các nghệ sĩ và người nổi tiếng vì công việc của cha cô. Bỏ ngoài tai những lời đồn không hay về gia đình Sakamaki, Yui quyết định chuyển đến và sống chung với họ theo ý muốn của cha cô.
Vào một mùa đông, khi còn đang học năm thứ 2 ở trường cấp 3, Yuuichi phải nằm viện vì bị viêm gan. Cậu ta suốt ngày bị chị y tá phạt vì tội hay trốn viện ra ngoài. Một ngày kia, cậu vô tình gặp Rika, một cô bạn bằng tuổi ở khu nhà bên cạnh. Cô bé ấy rất xinh xắn và đã hút hồn của Yuuichi ngay tức thì, nhưng đó lại là một cô bé rất ích kỉ. Dù cho có bị Rika sai khiến thế nào đi nữa thì Yuuichi vẫn gắn bó với cô bé ấy. Và rồi khi mà Rika kể cho cậu nghe về bệnh tình của mình thì cậu hiểu ra
Phần 3 sẽ là hành trình tìm kiếm ký ức của Makata Jin của nhóm Kaito. Bất ngờ, một cô gái tên là Reatsel cùng hội Master Brain xuất hiện nhằm cản đường họ. Cuộc chiến giữa Kaito và Reatsel diễn ra nhằm tranh giành ký ức của Jin bắt đầu.