vào năm 2013, đại dịch zombie bùng phát khiến cả thế giới chìm trong bóng tối, buộc nhân loại phải chiến đấu cho sự sống còn trên quy mô lớn. Các nhân vật chính đã vượt qua bóng tối để nhìn thấy ánh bình minh đầu tiên. Vậy vào thời khắc tận thế ập đến, họ đã phải chọn con đường nào?
Một cặp vợ chồng của các nhà khoa học đã bị bắt vì tiến hành các nghiên cứu bất hợp pháp, được cho là đã thực hiện việc sửa đổi gen trên năm đứa con của họ. Cậu bé Dannis, là người duy nhất lớn lên như một con người bình thường, và đã trở thành thành viên duy nhất trong gia đình cố gắng tìm một loại thuốc để biến chúng thành người bình thường trở lại.
Thảm kịch "Bloody Valentine" đã leo thang thành một cuộc chiến giữa Liên Minh Trái Đất và ZAFT. Cuộc chiến ngày càng trở nên nghiêm trọng. Khiến rất nhiều sinh mạng phải hy sinh, họ đã đạt được thỏa thuận ngừng bắn sau cuộc chiến thứ hai ở Yakin Do. Tuy nhiên, thỏa thuận ngừng bắn đã không hoàn toàn khắc phục được xung đột giữa Naturals và Coordinators.Trong suốt cuộc chiến, Shinn Asuka đã tham gia vào Liên Minh Trái Đất để thâm nhập vào Orb. Trong lúc thoát khỏi đám cháy, cậu ta đã mất cha mẹ
Thế giới mang tính công nghệ cao, ước mơ của con người, kết tinh của công nghệ - robot hình người, Họ hòa nhập hoàn toàn vào cuộc sống con người, nhưng cũng làm nảy sinh những mâu thuẫn mới.
Nor là con trai của một quý tộc nhỏ với rất ít tên tuổi ngoài việc đã có cơ hội có việc làm nhưng vào hôm trước ngày đầu tiên đi làm, cậu đã bị hủy việc. Cậu sở hữu một đặc điểm hiếm có: khả năng phép thuật để tham khảo ý kiến từ các nhà hiền triết vĩ đại. Khi sử dụng khả năng này thì cậu phải chịu chứng đau đầu khủng khiếp!