Taking place mere months after the Saber Marionette J OVA series, this newest installment in the Saber Marionette line follows the continuing adventures of Otaru and his clan of selfless, obsessive marionette girls.
Cốt truyện của Atom The Beginning diễn ra tại Nhật Bản sau một cuộc đại tai vạ. Trong thời điểm hoang tàn đó, có 2 thiên tài luôn mơ về tương lai, đó chính là Umatarou Tenma và Hiroshi Ochanomizu. Cả hai đã làm việc ngày đêm trong phòng nghiên cứu robot - Tenma tạo ra "thần" và Ochanomizu tạo ra "người bạn".
Bối cảnh diễn ra vào năm 2046. Cậu Haruyuki Arita cảm thấy mình luôn bị xã hội hắt hủi. Tủi thân với thực tại, cậu đi tìm cảm giác hơn người trong thế giới game ảo. Tất cả đã thay đổi khi cậu gặp Kuroyuki Hime, cô gái nổi tiếng nhất của trường. Kuroyuki Hime đã đưa cậu vào Thế giới gia tốc qua một chương trình gọi là Brain Burst.
Dựa theo tựa game cùng tên. Câu chuyện lấy bối cảnh vào năm 2115 khi mà Nhật Bản bị chia cắt thành 2 thế giới song song với nhau. “Ranh giới vô pháp S” và “Khu hành chính Tây phương số 17″. Cả 2 phe đấu tranh cả ngày lẫn đêm để giành được vị trí “Duy nhất” trong tương lai và cho chính sự tồn tại của họ.
Lấy bối cảnh vào năm 2029, một sự rạn nứt giữa các chiều đã mở ra, với những kẻ xâm lược chiếm lấy Nhật Bản như chúng ta đã biết. Bây giờ được đặt tên là Genkoku Nippon, công dân của nó đang chịu sự giám sát của Shinkoku Nippon. Mặc dù vậy, một nhóm nhỏ được gọi là Arahabaki chiến đấu để bảo tồn những thứ họ yêu thích bao gồm anime, manga và trò chơi điện tử.