Tiếp theo Season 1, Season 2 này sẽ đi sâu vào câu truyện về các Sister. Là những cảm xúc và hành đồng nhất thời của Mikoto Misaka khi cô phát hiện ra kế hoạch Sister. Kế hoạch được vạch ra để đưa Level 5 Accelerator lên Level 6.
Công việc đang chậm lại đối với Công ty Thám tử Ootsuji. Sotaro và đồng đội trẻ tuổi của anh, Saki, sẵn lòng nhận bất kỳ công việc nào xuất hiện, ngay cả những công việc mạo hiểm hơn giá trị thực sự.
Một cánh cổng từ 1 thế giới khác xuất hiện và tiếp theo sau đó là 1 cuộc xâm lăng của người ngoài hành tinh gồm những sinh vật bất khả chiến bại bước ra từ các cánh cổng . Phe bảo vệ trái đất là 1 tổ chức mang tên Border gồm các chiến binh bí ẩn sử dụng Trigger - 1 loại vũ khí của các sinh vật ngoài hành tinh để chiến đấu !!
Nối tiếp sau các sự kiện của Made in Abyss Movie 3: Dawn of the Deep Soul, phần thứ ba của Made in Abyss bao gồm cuộc phiêu lưu của Reg, Riko và Nanachi trong Tầng thứ sáu
Ở xứ Gamindustry nọ, có 4 nữ thần cai trị 4 vùng đất khác nhau Planeptune, Lastation, Lowee và Leanbox Ngày qua ngày, họ đánh nhau chí chóe để tranh giành đất đai, thị trấn, để có được Shares - Nguồn sức mạnh của họ Nhận thấy rằng cuộc chiếc này hại đối với quốc gia của mình còn hơn là lợi