Hai năm sau ngày diễn ra sự cố, Aiko Tachibana – 15 tuổi – người đã mất gia đình trong sự kiện “Burst” đã khám phá được những điều bí ẩn từ bạn học cùng lớp mới của cô Yuya Kanzaki. Bí ẩn đó nằm sâu trong thể cô và để giải quyết được vấn đề của cô cần phải thâm nhập vào “Lõi Chính” – trung tâm của Burst.
Pastry Mille Morteln, 9 tuổi, mong muốn trở thành một thợ làm bánh chuyên nghiệp. Cậu có ước mơ về một vùng đất có đầy đủ các loại bánh thơm ngon, ngọt ngào. Nhưng trước đó, cậu còn rất nhiều việc phải làm! Từ việc học cách chiến đấu, đến việc điều khiển phép thuật cố gắng hết sức để bảo vệ ngôi làng của mình khỏi bọn cướp.
Khi còn nhỏ, Makoto có một sức mạnh kì lạ cho phép cậu đọc được ký ức về thứ mà cậu chạm vào. Ẩn đi sức mạnh không thể kiểm soát của mình, Makoto làm việc trong lực lượng cảnh sát. Một ngày nọ, trong khi điều tra một vụ nổ tại một phòng thí nghiệm nghiên cứu một chất chưa biết tên là “XM”, Makoto ta thấy một ký ức bí ẩn.
Trong cốt truyện gốc của game, một idol ảo sử dụng những bài hát mà người dùng nhập vào đã có được nhận thức qua sự ảnh hưởng của cảm xúc và sự bất mãn với hiện thực của người dùng. Mong muốn cứu lấy loài người - cô tin rằng họ luôn đau khổ - cô sử dụng những bài hát để dụ mọi người vào thế giới ảo có tên là Mobius
Xung quanh 180000 cư dân sống tại Thành phố Tachikawa, “thủ phủ thứ 2” của Tokyo là “Gatchaman” – những chiến binh chiến đấu trong các bộ giáp đặc biệt được cung cấp năng lượng bởi “NOTE”, một dạng năng lượng siêu nhiên tồn tại trong cuộc sống.