Những hang động khổng lồ, được gọi là Thung lũng, là nơi duy nhất chưa được khám phá trên thế giới. Không ai biết khi đi sâu xuống qua các hố khổng lồ nơi có những sinh vật kỳ lạ và kỳ diệu và đầy những di tích cổ kính bí ẩn mà người ta không biết đến ở thời hiện đại này.
Fuka là một cô gái người đã mất trí nhớ. Trong khi lang thang trên phố quen thuộc, cô thấy mình trong, cô nhận ra rằng cô đang bị truy đuổi bởi một ai đó. Một trong những tập đoàn mafia trong thành phố được gọi là gia đình Oz cứu cô sau khi cô bỏ chạy trong sợ hãi.
Một cuộc đại chiến đã nổ ra trong nhiều năm giữa phe Empire và phe Nebulis, thuở là vương quốc của những nữ pháp sư- cho đến khi các hiệp sĩ trẻ tuổi nhận được danh hiệu mạnh nhất từ phe Empire để gặp gỡ công chúa của phe đối thủ
Ngôi làng của Shu bị tấn công bởi những tên địch, cậu ta và bạn mình, Jiro và Kluke quyết định bảo vệ quê nhà. Họ sớm gặp chiến binh Zola và nhận được năng lượng của Shadow, khả năng biến những bóng của họ thành những quái vật siêu phàm. Shu nhận được quái vật có sức mạnh ghê gớm nhất, Blue Dragon, và họ cùng nhau chiến đấu chống lại kẻ thù.
Câu chuyện xoay quanh Chiari, một nữ sinh cấp 2 sống trong một thế giới nơi mà con người và những thú cưng đá quý (Jewelpets) sống chung và học tại Học viện Jewel