Saintia Shou diễn ra xen kẽ với bản gốc chính truyện. Mạch truyện bắt đầu trong khi Thánh Địa đang bị thao túng bởi Gemini Saga, lúc này đang mạo danh Giáo Hoàng truy sát Athena. Song song với 5 Đồng Thánh huyền thoại đang chiến đấu chống lại sự vây quét của Thánh Địa, Saori đã huấn luyện thêm một đội cận vệ nữ của riêng mình, các Saintia (Thánh Vệ).
Năm 2089, 89 năm kể từ chiến tranh vũ trụ thứ nhất, đã thay đổi cuộc sống của hai chủng tộc con người và Zentradi. Cả hai chủng tộc hiện đang chung sống hòa bình trên Trái Đất thì bỗng nhiên một chủng tộc mới xuất hiện trên hệ Mặt Trời tên là Marduk. Giữa chiến trường của Lực lương không gian Liên Hợp Quốc với hạm đội Marduk, phóng viên tập sự Hibiki đã phát hiện ra Ishtar
Bối cảnh câu chuyện là nước Anh thế kỷ 19 và trung tâm là Lydia với cái tên “fairy doctor”. Cuộc sống của cô xoay 180 độ khi cô gặp một Bá tước Hiệp sĩ xanh huyền thoại tên Edgar và người hầu của anh. Anh ta đã thuê cô làm cố vấn trong cuộc truy tìm để giành lại thanh gươm báu được lưu truyền trong dòng họ minh.
Iwatani Naofumi bị triệu hồi vào thế giới song song cùng với 3 thằng đực rựa khác. Mỗi đứa đều được trang bị 4 thanh Huyền Khí khi được triệu hồi, Naofumi được nhận Huyền Khiên. Tiếc cái ở cái thế giới này lại tôn thờ Tam Đại Thánh Khí (chém đó) bao gồm Thương, Cung, Kiếm và tất nhiên Khiên lại được cho là thứ tà giáo
Once, the land of Togenkyo was a peaceful land, where humans and yokai lived together. Then, however, men appeared who tried to revive Gyumaoh, the Great Yokai who was slain by the war god Nataku Taishi and buried in Houtou Castle 500 years ago, by using a forbidden combination of chemistry and magic