Tiến sĩ Saotome trở về từ cõi chết sau khi bị giết bởi phi công Gare Nagare Ryoma và đe dọa thế giới với sự sáng tạo tối thượng của ông: Shin Dragon. Ryoma miễn cưỡng hợp tác với cựu đồng nghiệp của mình là Jin Hayato và Tomoe Mushashi để chống lại Dr. Saotome.
Cốt truyện xảy ra vào 10 năm sau của Yu-Gi-Oh phần đầu. Lúc này Yugi Muto đã trở thành một tượng đài bất diệt trong làng bài ma thuật. Nhân vật chính của series là Yuki Judai, một thiếu niên đam mê bài ma thuật quyết tâm trở thành Vua đấu bài. Cậu tham dự kỳ thi tuyển vào học viện đào tạo bài thủ Duel Academy và được xếp vào nhà Osiris Red.
một câu chuyện hoàn toàn mới tập trung vào Taichi Yagami khi cậu học năm thứ năm tại trường tiểu học. Bạn hữu của cậu là Agumon. Câu chuyện bắt đầu ở Tokyo khi xảy ra sự cố mạng quy mô lớn. Taichi đang chuẩn bị cho chuyến đi cắm trại mùa hè cuối tuần của mình khi sự cố xảy ra
Câu chuyện về tình yêu và không chiến của một vị hoàng tử đã mất tất cả mọi thứ cho một cuộc cách mạng, một cô gái trở thành biểu tượng của cuộc cách mạng và một cô gái khác trên cuộc hành trình của riêng mình.Vị hoàng tử mồ côi đó nay đã đổi tên thành Karueru và bắt đầu dấn thân vào một chuyến đi không có đường lùi để khám phá đến tận cùng trời cuối đất. Tại hòn đảo trên không của Isura anh đã gặp Claire.
kể về Oz Vessalius, người thừa kế của một trong những nhà công tước, vừa quay mười lăm. Cuộc sống của người giàu và vô tư, chỉ có tối bởi sự vắng mặt liên tục của cha ông. Tại buổi lễ coming-of-tuổi của mình, tuy nhiên, mọi thứ thay đổi. Vì nhiều lý do mà anh ta có thể phân biệt được, anh ấy quăng vào tù gọi là “Abyss”, chỉ để được cứu bởi một “chuỗi” được gọi là Alice