Một thế giới tồn tại những Người điều khiển (Meisters) và những Người biến thành vũ khí (Weapon), câu chuyện xoay quanh 3 nhóm nhân vật, là học viên của Shibusen (trường đào tạo Meisters và Weapon do Tử thần thành lập), nhiệm vụ của họ là thu thập đủ 99 linh hồn xấu xa và 1 linh hồn phù thuỷ để biến vũ khí thành Lưỡi hái Tử thần (Death Scythe)
Ngày xửa ngày xưa ở một nơi nọ có một ma cà rồng tên Vanitas bị người ta căm ghét. Mặc dù ma cà rồng vốn dĩ được sinh ra dưới áng trăng tròn đỏ máu, nhưng không hiểu vì đoản mệnh thế nào mà chỉ mỗi Vanitas lại được sinh ra dưới ánh trăng tròn sắc xanh.
Được Thiết lập một thế giới song song với Fate / stay night nơi Chén Thánh huyền bí biến mất khỏi Fuyuki sau Chiến tranh Chén Thánh Third Holy Grail. Sau nhiều năm yên bình, khoảng thời gian Chiến tranh Chén Thánh thứ năm đã xảy ra, Yggdmillennia, một gia đình ma thuật, tuyên bố công khai việc ly khai khỏi hiệp hội Mage và họ đang nắm giữ Chén Thánh
Ryugamine Mikado là một thiếu niên mong mỏi cuộc sống thú vị chốn thành thị. Nhận lời mời của người bạn thời thơ ấu Masaomi, cậu chuyển trường đến Ikebukuro. Masaomi cảnh báo cậu về nhửng người mà cậu không nên chạm mặt ở thành phố: một kẻ hung hãn ăn mặc như phục vụ quầy, 1 tên cò mồi tin tức, một băng nhóm bí ẩn tự xưng là Dollar.
Sau một thời gian dài ẩn trốn, Mina Tepes, công chúa của Vampire đã đứng lên xây dựng một quốc gia riêng dành cho loài Vampire ở một hòn đảo của Nhật và tuyên bố trước công chúng về sự tồn tại của Vampire. Cô mang hình hài của một đứa bé 13 14 tuổi (true form thì big boob) và có một cận vệ là Akira, người sói.