Musashi sống với cha mình. Mẹ của cậu đã rời đi ba năm trước đây. Musashi tin rằng bà sẽ quay trở lại với họ. Một ngày họ chuyển từ Tokyo đến một ngôi làng ở nông thôn. Musashi ghét sống ở nông thôn và yêu cầu cha của mình để đưa cậu ấy trở lại Tokyo.
Cốt truyện sẽ đưa khán giả đến năm 2138 trong tương lai, khi khoa học công nghệ phát triển vượt bậc và ngành game thực tế ảo đang nở rộ hơn bao giờ hết. Yggdrasil, một game online vô cùng phổ biến thời gian đó bỗng dưng bị đóng cửa đột ngột, nhưng nhân vật chính Momonga lại quyết định không thoát ra ngoài và khám phá những điều bí ẩn khi thế giới ảo quanh mình ngày một thay đổi.
Thế giới đã trải qua bao nhiêu kỳ “Cát bụi”, và dần dần sắp lụi tàn. Để có thể cứu thế giới khỏi đợt “Cát bụi cuối cùng”, mọi người đã tụ tập cùng nhau hợp sức để có thể khôi phục lại ngành công nghệ giả kim bí truyền của thành phố được biết đến với cái tên “Central”.
Satoshi cùng Pikachu tiến đến vùng đất Kalos. Cùng phiêu lưu với Satoshi sẽ là cô bạn thuở nhỏ Serena và hai anh em Citron, Eureka. Season 18 bắt đầu từ ep 804
Anh đến từ châu Phi và chiến đấu sát cánh lãnh chúa phong kiến hùng mạnh trong thế kỷ 16 đầy bạo tàn ở Nhật Bản. Họ gọi anh là Samurai đen và anh trở thành huyền thoại.