Umakai Shintaro, một nhà ngoại giao Nga gốc Nhật, đã bỏ việc và đi đến Sapporo để dạy tại một Học viện nữ sinh. Nhưng Học viện đó không nằm ở nơi bình thường mà ở trên một con tàu chiến gọi là Amanohara. Và năm cô gái Shintaro dạy nằm trong đơn vị tên là Raimu. Các cô gái hỗ trợ cho nhau và triệu hồi những thứ kì lạ
Câu chuyện bắt đầu từ sự phản bội của Kì Lần - Judas và Phượng Hoàng - Luca, họ đã bị bị Chúa giam giữ ở địa ngục. Sau một ngàn ngày đêm, họ đã trốn thoát với một ý định trả thù Chúa và tạo ra một thế giới địa ngục. Ngay sau đó, những Thần Hộ Mệnh được gửi đến trần gian đã bắt đầu dần biến mất, trên Thiên Đường không ai có thể giải thích điều này. Bốn vị Thánh Thú đã được Nữ Thần kêu gọi, sau đó họ đã đến trần gian và kiểm chứng về những việc đang xảy ra. Khi đến nơi họ đã gặp một Thần Hộ Mệnh
được dựa trên game nhập vai, chiến lược, hành động, tưởng tượng đưa bạn vào một thế giới mà con người và quái vật cùng tồn tại với nhau. Trong câu chuyện này, nhân vật chính là một cậu bé "Yujutsushi" (người chữa thương) với sức mạnh có thể chữa thương cho tất cả mọi người, chàng trai này đã đi mọi nơi để chữa thương và hành trình đi khôi phục ký ức của cô gái Merc - bị mắc kẹt trong một cái chai.
Lấy bối cảnh 10 năm sau Nanoha As. Nanoha, Fate và Hayate lúc này đã là những thành viên chủ chốt của Cục quản lý Không gian và Thời gian. Họ đóng vai trò là những người hướng dẫn cho thế hệ pháp sư tiếp theo là Subaru, Tiana, Caro và Erio. Đồng thời, mọi người sẽ phải chiến đấu với kẻ thù từ Project F, chính là chương trình mà mẹ của Fate đã tham gia trước kia.
Ichinomiya Shingo, một thanh niên 25 tuổi, độc thân, nhân viên của một công ty thương mại, đi ngủ trong lúc nghĩ về ngày hôm sau với những công việc bận rộn thường nhật. Tuy nhiên khoảnh khắc cậu thức dậy, xung quanh là một căn phòng lạ lẫm.