Công chúa Millhiore Filianno Biscotti đã đích thân đứng lên triệu hồi dũng sĩ mang tên Shinku hòng cứu lấy đất nước xinh đẹp của mình. Thế nhưng vị dũng sĩ mang tên Shinku đó chỉ là một cậu học sinh cấp 2, chưa hề biết gì về những chuyện này.
Hyuuga Saki và Mishou Mai đã gặp nhau ở khu rừng sau khi họ đuổi theo những ánh sáng kỳ lạ. 5 năm sau họ đã đoàn tựu dưới Sky Tree, nơi họ gặp Flappy và Choppy, hai tinh linh của Land of Fountains; họ bị truy đuổi bởi Akudaikaan, kẻ cai trị Dark Fall, kẻ đang chiếm lấy những đài phun nước đang duy trì sự sống củag World Tree. They give Saki và Mai đã biến hình thành Pretty Cure, để họ có thể chiến đấu với những thuộc hạ của Akudaikaan và phục hồi những suối nguồn.
Phép thuật, đó không còn là truyền thuyết hay một câu chuyện cổ tích nữa. Nó đã trở thành một công nghệ thực tiễn từ gần một thế kỷ nay. Pháp sư, đó là cách mà người ta gọi những con người mang trong mình một tài năng phép thuật ưu việt.
Marin và Urin, 2 chị em được gọi là "pure" sống trên biển. Nhưng họ luôn hướng tới 1 thế giới bên ngoài mặt biển, sâu trong đất liền.Một ngày nọ, một chiếc nhẫn rơi xuống giữa lòng biển xanh và Marin, Urin nhặt được nó. 2 người quyết định lần đầu tiên sẽ rời biển để tìm trả lại cho chủ nhân chiếc nhẫn. Sau một cuộc hành trình gian nan, họ đến 1 hòn đảo cô độc và ở đây có 1 cô bé cấp 3 sống.Cuộc gặp gỡ giữa 3 người - 2 miko của Biển và 1 miko của Bầu trời - làm thức tỉnh một sức mạnh tiềm tàng
Vào đầu truyện, một nữ sinh mang tên Momomiya Ichigo tham gia một buổi triển lãm về các sinh vật đang bị đe dọa tuyệt chủng với người bạn học mà cô thầm thương, Aoyama Masaya. Một trận động đất xảy ra và một luồng sáng kỳ lạ chiếu vào Ichigo cùng với bốn cô gái khác. Tiếp đó một chú mèo xuất hiện và nhập vào cơ thể Ichigo. Ngày hôm sau cô đột nhiên có những hành động, thái độ giống như mèo, ví dụ như Ichigo đột nhiên chộp lấy con cá trong căng tin, hoặc khi Ichigo ngã từ trên cao xuống thì cô