Anime Halo có cốt truyện xoay quanh vị chỉ huy kiệt xuất - anh hùng Master Chief (một chiến binh đã được cải tiến gien nhờ khoa học công nghệ giúp anh có thể sử dụng mọi vũ khí tối tân và đủ trí lực đánh bại kẻ thù ngoài hành tinh Covenants) cùng các đồng đội trong tiểu đoàn thiện chiến SPARTAN, đại diện cho khối liên minh UNSC chống lại thế lực của tộc người ngoài hành tinh Covenants hung bạo
vào năm 2013, đại dịch zombie bùng phát khiến cả thế giới chìm trong bóng tối, buộc nhân loại phải chiến đấu cho sự sống còn trên quy mô lớn. Các nhân vật chính đã vượt qua bóng tối để nhìn thấy ánh bình minh đầu tiên. Vậy vào thời khắc tận thế ập đến, họ đã phải chọn con đường nào?
Cốt truyện của Atom The Beginning diễn ra tại Nhật Bản sau một cuộc đại tai vạ. Trong thời điểm hoang tàn đó, có 2 thiên tài luôn mơ về tương lai, đó chính là Umatarou Tenma và Hiroshi Ochanomizu. Cả hai đã làm việc ngày đêm trong phòng nghiên cứu robot - Tenma tạo ra "thần" và Ochanomizu tạo ra "người bạn".
Thời gian là tương lai, dưới sự tấn công bất ngờ của dạng sống máy móc "Weiß", con người buộc phải thoát khỏi trái đất và tiến vào vũ trụ. Trong thời gian chạy trốn, Space Fleet SHARD đã phát triển thành công Alice Gear, một bộ giáp có thể cho phép con người chiến đấu chống lại Weiß, và gọi những người phụ nữ xuất sắc phù hợp để vận hành họ là Actress.
Câu chuyện lấy bối cảnh ở một thế giới hỗn loạn sau "Cuộc Chiến Cuối Cùng" của nhân loại. Một khu rừng vĩ đại, đầy rẫy những sinh vật rực rỡ và những con thú hoang dã khác đã bao phủ cả hành tinh. Do một loại vũ khí đặc biệt được sử dụng trong "Cuộc Chiến Cuối Cùng", cơ thể con người sẽ tự phát nổ ngay cả khi đến gần một ngọn lửa rất nhỏ