Mở đầu câu chuyện, Takemichi 26 tuổi, là một cậu thanh niên thất nghiệp, sống tại Tokyo nhận được tin cô bạn gái duy nhất của mình từ hồi sơ trung – Hinata qua đời trong một vụ ẩu đả giữa các băng nhóm tội phạm.
8 nam sinh trong đội tuyển tennis của trường Seishun được mời đến tập luyện ở 1 trại tennis dành cho các vận động viên dưới 17 tuổi. Tại đây 8 học viên của Seishun được các học viên cấp 3 khác thách thức nhưng nó không là gì cả so với trình độ của 8 cậu kia.
Vào thời chiến quốc Nhật Bản, đôi chị em Towa và Setsuna bị chia cắt bởi một cuộc cháy rừng. Trong lúc tìm em gái, Towa bị vô tình du hành tới thế giới hiện đại nơi cô được gia đình của Kagome nuôi dạy.
Persona 4 lấy bối cảnh tại một vùng nông thôn tưởng tượng ở Nhật có tên Inaba. Cốt truyện xoay quanh nhân vật chính là Yu Narukami, một thiếu niên từ thành thị mới chuyển về Inaba - và nhóm bạn của cậu. Tại Inaba bỗng nhiên xảy ra các vụ giết người hàng loạt huyền bí
This series features an original story, which depicts the young geniuses Mei Kamino, a female researcher, and Yun Arikawa, a male engineer, as they take on an unprecedented threat with their companions. When danger comes up from the depths, only young geniuses Mei, Yun, and their team can face the threat in Godzilla Singular Point!