Vào 1863 khi kỷ nguyên samurai rối ren sắp chấm dứt, Nhật Bản bị chia rẽ giữa các phe phái ủng hộ và thống trị phiến quân. Số phận của thế giới bị đe dọa như là một đội quân của các nhà cải cách lịch sử được gửi từ tương lai để thay đổi quá trình lịch sử
câu chuyện về một con robot nhỏ Bureikin có nhiều khả năng đặc biệt.Quay về với quá khứ trước kia thì nó là một vũ công từ một thế giới khiêu vũ,chính nó đã thách thức nhà vua của thế giới đó để có được ngai vàng, nhưng cuối cùng nó đã bị tước viên đá sức mạnh của vũ đạo, và viên đá ấy đã được gửi đến thế giới của loài người.
Mười năm sau khi Inazuma Nhật Bản đoạt chức vô địch Football Frontier thế giới, danh tiếng bóng đá Nhật đã gia tăng đáng kể. Ngôi trường Raimon ngày nào giờ đã nổi tiếng về đào tạo bóng đá. Đây là câu chuyện về những người hùng mới của Raimon, họ phải đối mặt với những biến cố mới trong giới bóng đá.
Câu chuyện bắt đầu với nhân vật chính là Mayumi Doujima, một học sinh trung cấp hay gặp rắc rối ở Học viện Yubiwa. Mayumi đã vô tình gặp gỡ và kết bạn với “Trinh thám xinh trai”, năm chàng trai cực đẹp, quá đẹp nhưng lập dị và được đồn đại là chuyên gia giải quyết các câu chuyện bí ẩn tại trường thông qua một CLB phi lợi nhuận.
Bối cảnh diễn ra Rail Wars là tại một thế giới song song, nơi mà Nhật Bản không tư nhân hóa ngành đường sắt quốc gia. Naohito Takayama – một cậu học sinh trung học bình thường với mơ ước được làm việc cho Cục đường sắt quốc gia. Cậu được chỉ định vào nhóm thực tập sinh thuộc Lực lượng Bảo an Đường sắt. Trong nhóm còn có Aoi Sakurai, một cô nàng kỳ quái rất ghét con trai. Ngay trong ngày đầu chuyển đến, Naohito đã đụng độ với một nhóm cực đoan tự xưng là “RJ” luôn âm mưu tư nhân hóa ngành đường